orca5.0 优化有机镍配合物出错

huozhong

orca5.0安装应该是没有问题的，按社长的教程装的（http://sobereva.com/451和http://sobereva.com/409）
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[root@localhost oi]# mpiexec --version
mpiexec (OpenRTE) 4.1.1

[root@localhost ~]# which mpirun
/root/hcp/openmpi411/bin/mpirun

Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/

[root@localhost oi]# which orca
alias orca='/root/hcp/orca500/orca'
        /root/hcp/orca500/orca


以及.bashrc中的环境变量为：

export PATH=$PATH:/root/hcp/openmpi411/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/root/hcp/openmpi411/lib
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

export PATH=$PATH:/root/hcp/orca500
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/root/hcp/orca500

alias orca='/root/hcp/orca500/orca'
-----------------------------------------------------------------
以下是计算的命令，刚跑5秒左右就报错，附件是输入和输出文件
-----------------------------------------------------------------
[root@localhost oi]# orca LNiCO.inp > LNiCO.out
[localhost:04691] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:04691] *** reported by process [3267428353,1]
[localhost:04691] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:04691] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:04691] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:04691] ***    and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:04686] 4 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:04686] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
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按屏幕中的提醒好像是mpirun运行有问题，但我检查了which mpirun和mpiexec --version没有问题，不知道哪里出错了，新人求助

biogon

你环境变量还有没有其他MPI？

huozhong

biogon 发表于 2021-7-14 13:18
你环境变量还有没有其他MPI？

没有了，我用的root用户，下面是环境变量的所有信息。在安装orca5.0时反复装了好几个版本的mpi，但现在已经把其他版本的mpi删除了
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# .bashrc

# User specific aliases and functions

alias rm='rm -i'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi
#export g09root=/root/home/hcp
#export GAUSS_SCRDIR=/root/home/hcp/g09/scratch
#source /root/home/hcp/g09/bsd/g09.profile

export PATH=$PATH:/root/hcp/openmpi411/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/root/hcp/openmpi411/lib
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

export PATH=$PATH:/root/hcp/orca500
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/root/hcp/orca500
-- INSERT --
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sobereva

先串行运行，看看到底是ORCA代码问题还是MPI的问题

wzkchem5

试试简单分子（比如水分子）的单点能计算会不会也有这个问题

huozhong

wzkchem5 发表于 2021-7-14 15:36
试试简单分子（比如水分子）的单点能计算会不会也有这个问题

您好，我试了水分子的单点能，没有问题。试了水分子的优化结构，也没有问题。都可以正常结束

huozhong

sobereva 发表于 2021-7-14 15:23
先串行运行，看看到底是ORCA代码问题还是MPI的问题

社长你好，我刚开始用orca，串行运行是要下载和安装另一种版本的orca5.0软件（静态库版）吗？

huozhong

wzkchem5 发表于 2021-7-14 15:36
试试简单分子（比如水分子）的单点能计算会不会也有这个问题

您好，我又试了一遍有机镍配合物（LNiCO.inp），同样报错，大概运行5秒左右就停了，报错信息同上。输入文件中除了分子式与水分子优化的输入文件（h2oopt.inp）不同之外，其他完全一样，同一个软件。
这是不是orca软件的问题？
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[root@localhost oi]# orca LNiCO.inp > LNiCO.out
[localhost:03689] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:03689] *** reported by process [3740205057,5]
[localhost:03689] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:03689] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:03689] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:03689] ***    and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:03680] 3 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:03680] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

[root@localhost oi]#

sobereva

huozhong 发表于 2021-7-14 16:28
社长你好，我刚开始用orca，串行运行是要下载和安装另一种版本的orca5.0软件（静态库版）吗？

串行=不并行

wzkchem5

huozhong 发表于 2021-7-14 09:24
您好，我试了水分子的单点能，没有问题。试了水分子的优化结构，也没有问题。都可以正常结束

试试在算你的Ni的配合物的时候，去掉%maxcore那一行，看看会不会有这个问题。
如果还有问题，把分子删掉一部分，看看是不是分子大于某个大小才会触发这个问题

Childhood

或者使用一下绝对路径来调用一下 Orca？

huozhong

wzkchem5 发表于 2021-7-14 16:34
试试在算你的Ni的配合物的时候，去掉%maxcore那一行，看看会不会有这个问题。
如果还有问题，把分子删掉 ...

您好，去掉%maxcore那一行，报错出现同样的问题。
尝试了一个一个删除官能团（去掉苯环，LNiCOdeben.inp；去掉硅，LNiCOdebensi.inp），以及删除镍原子（去掉镍，LNiCOdeNi.inp）单独跑，同样报错。最后删的只剩下42个原子（C, H Si, Cl: miji.inp）报错还是同样的问题。
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[root@localhost oi]# orca miji.inp > miji.out
[localhost:04323] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:04323] *** reported by process [3226796033,5]
[localhost:04323] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:04323] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:04323] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:04323] ***    and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:04314] 5 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:04314] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
---------------------------------------------------------------------------------------------
但我单独在GaussianView中摆一个苯环（12个原子）,用multiwfn转化格式后（ben.inp），就可以正常计算结束（ben.out）。同样在GaussianView中摆四个苯环（42个原子，ben.inp）同样报错（ben.out）,下面是报错时屏幕的输出信息：
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[root@localhost oi]# orca 4ben.inp > 4ben.out
[localhost:04631] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:04631] *** reported by process [3265200129,3]
[localhost:04631] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:04631] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:04631] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:04631] ***    and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:04624] 2 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:04624] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

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好奇怪,orca5.0 在 RI-B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP下42个原子优化或者单点都报错！！

huozhong

Childhood 发表于 2021-7-14 16:39
或者使用一下绝对路径来调用一下 Orca？

你好，尝试了绝对路径还是报错，同样问题。


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[root@localhost oi]# /root/hcp/orca500/orca miji.inp

......

Reading SHARK input file miji.SHARKINP.tmp ... ok
----------------------
SHARK INTEGRAL PACKAGE
----------------------

Number of atoms                             ...     42
Number of basis functions                   ...    739
Number of shells                            ...    305
Maximum angular momentum                    ...      3
Integral batch strategy                     ... SHARK/LIBINT Hybrid
RI-J (if used) integral strategy            ... SPLIT-RIJ (Revised 2003 algorithm where possible)
Printlevel                                  ...      1
Contraction scheme used                     ... SEGMENTED contraction
Coulomb Range Separation                    ... NOT USED
Exchange Range Separation                   ... NOT USED
Finite Nucleus Model                        ... NOT USED
Auxiliary Coulomb fitting basis             ... AVAILABLE
   # of basis functions in Aux-J            ...   1188
   # of shells in Aux-J                     ...    404
   Maximum angular momentum in Aux-J        ...      4
Auxiliary J/K fitting basis                 ... NOT available
Auxiliary Correlation fitting basis         ... NOT available
Auxiliary 'external' fitting basis          ... NOT available
Integral threshold                          ...     1.000000e-10
Primitive cut-off                           ...     1.000000e-11
Primitive pair pre-selection threshold      ...     1.000000e-11

Calculating pre-screening integrals         ... done (  0.2 sec) Dimension = 305
Organizing shell pair data                  ... done (  0.2 sec)
Shell pair information
Total number of shell pairs                 ...     46665
Shell pairs after pre-screening             ...     35242
Total number of primitive shell pairs       ...    142293
Primitive shell pairs kept                  ...     71619
          la=0 lb=0:   9944 shell pairs
          la=1 lb=0:  10452 shell pairs
          la=1 lb=1:   2812 shell pairs
          la=2 lb=0:   4729 shell pairs
          la=2 lb=1:   2550 shell pairs
          la=2 lb=2:    624 shell pairs
          la=3 lb=0:   2243 shell pairs
          la=3 lb=1:   1193 shell pairs
          la=3 lb=2:    553 shell pairs
          la=3 lb=3:    142 shell pairs

Calculating one electron integrals          ... done (  0.1 sec)
Calculating RI/J V-Matrix + Cholesky decomp.... [localhost:04431] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:04431] *** reported by process [3250978817,2]
[localhost:04431] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:04431] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:04431] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:04431] ***    and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:04425] 5 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:04425] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 6  /root/hcp/orca500/orca_gtoint_mpi miji.int.tmp miji
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

huozhong

sobereva 发表于 2021-7-14 16:33
串行=不并行

社长您好，有相关的串行教程吗？在论坛没找到，感谢答复

wzkchem5

huozhong 发表于 2021-7-14 10:10
社长您好，有相关的串行教程吗？在论坛没找到，感谢答复

串行就是不写%pal那一行，等于用一个核跑。。。