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[Molclus] Molclus 1.9.9.9发布,支持了更精细的被计算结构筛选控制

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分子构象和团簇构型搜索程序Molclus 1.9.9.9版发布。为满足用户的需求,做了以下更新:

Molclus判断traj.xyz中要忽略的结构时支持了对原子间距离更精细的控制。在settings.ini里若将distmax设为0,molclus启动后就会从当前目录下的distrange.txt里读取设置,其中每一行的格式为:原子组1序号 原子组2序号 最近距离 最远距离,距离单位为埃,写的时候注意格式,四个部分间要有空格。例如,若此文件内容为1,3-5 2,8 2.5 10.2,就代表1,3,4,5和2,8这两批原子间最小距离必须大于2.5埃,最大距离不能超过10.2埃,如果traj.xyz里某结构违背了这个条件,则这个结构就会被跳过而不计算。distrange.txt里可以设多行,同时满足所有条件的结构才被计算。

新版本现已可以在molclus主页http://www.keinsci.com/research/molclus.html下载

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wangyueda + 5 谢谢
WaterMirror + 5 谢谢卢老师

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发表于 Post on 2022-3-19 13:15:30 | 只看该作者 Only view this author
请问卢老师是否会在未来支持设置元素间距离的功能?
比如,假设我希望搜索C20团簇,这里面只有C元素,如果能让C元素之间键长最小不小于1.0埃,最大不大于10.0埃,这样就只需要设置一个变量就可以了
对于一些二元的体系,如果能支持对通过元素来设定键长的最大值和最小值,也只需要设定少数几个变量就可以了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-20 14:19:08 | 只看该作者 Only view this author
philartist 发表于 2022-3-19 13:15
请问卢老师是否会在未来支持设置元素间距离的功能?
比如,假设我希望搜索C20团簇,这里面只有C元素,如果 ...

C20这种情况没必要设最小距离,genmer产生的结构不可能有小于1埃的,而且光靠distmax就足矣控制最大原子对距离

通过distrange.txt可以直接实现自由地定义原子间最小和最大距离矩阵,根据实际情况定义就完了
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发表于 Post on 2022-6-5 22:02:38 | 只看该作者 Only view this author
Sober老师,我可以不管distmax这一项吗?我看您的settings.ini中distmax的默认值是999,我可以不去改动它吗?
轻舟一过万重山。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-6 05:13:39 | 只看该作者 Only view this author
ReviewReview 发表于 2022-6-5 22:02
Sober老师,我可以不管distmax这一项吗?我看您的settings.ini中distmax的默认值是999,我可以不去改动它吗 ...

理解了选项的含义自然就知道怎么用、怎么改
没有特殊需要就不用改它
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发表于 Post on 2022-6-6 09:12:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-6 05:13
理解了选项的含义自然就知道怎么用、怎么改
没有特殊需要就不用改它

嗯嗯,谢谢老师。
轻舟一过万重山。

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发表于 Post on 2022-6-7 22:27:51 | 只看该作者 Only view this author
老师,对于HO-+CH3CH2Cl 使用b3lyp/aug-cc-pVDZ em=gd3做构型搜索,用genmer生成初始构型10个,优化结束时,有一个构型变成CH3CH2OH+Cl-,类似发生了反应,这个构型不是我想要的,可以不考虑么,另外如果有的构型优化不成功,这样的该如何解决?可以不考虑这些失败的和不符合要求的构型,只对优化出来的构型用iso stat归簇可以么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-9 07:30:29 | 只看该作者 Only view this author
PESPES 发表于 2022-6-7 22:27
老师,对于HO-+CH3CH2Cl 使用b3lyp/aug-cc-pVDZ em=gd3做构型搜索,用genmer生成初始构型10个,优化结束时 ...

可以

直接跳过去。或者结合template2.gjf,此贴说了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

可以
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发表于 Post on 2024-6-26 23:11:42 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-27 02:53:28 | 只看该作者 Only view this author
zdworld 发表于 2024-6-26 23:11
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怀疑是你的网址输错了
http://www.keinsci.com/research/molclus.html访问没有任何问题
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发表于 Post on 2024-6-27 11:37:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-27 02:53
怀疑是你的网址输错了
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感谢回复,发现是移动端edge的跟踪防护断开了连接,并不是站点问题,pc端没有问题。

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