求助LigParGen生成拓扑文件修改

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-9-17 20:00:50

各位老师好，使用LigParGen时上传pdb文件时总是报错，无奈只能使用mol文件，可是生成的itp文件残基名称已经发生了变换后续想使用packmol建模，我直接将pdb中的残基名称改为新生成itp文件中的残疾名这种处理方式可以嘛

牧生 · 发表于 Post on 2021-9-17 20:20:58

可以把itp中的残基名改成自己容易记的。

一般不用管pdb中的名字

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-9-18 09:46:55

本帖最后由 UPC-Ning 于 2021-9-18 09:56 编辑

牧生发表于 2021-9-17 20:20
可以把itp中的残基名改成自己容易记的。

一般不用管pdb中的名字

可是如果不管pdb中的名字话 packmol组建完盒子后的box.pdb依旧是原来的名字而后续无论无论是nvt还是npt模拟都需要top文件两个残基名不一样是肯定不行的我帖子想表达的意思是我的处理方式是否可行谢谢您！

牧生 · 发表于 Post on 2021-9-18 11:07:52

本帖最后由牧生于 2021-9-18 11:17 编辑

UPC-Ning 发表于 2021-9-18 09:46
可是如果不管pdb中的名字话 packmol组建完盒子后的box.pdb依旧是原来的名字而后续无论无论是nvt还是npt ...

可是如果不管pdb中的名字话 packmol组建完盒子后的box.pdb依旧是原来的名字而后续无论无论是nvt还是npt模拟都需要top文件两个残基名不一样是肯定不行的我帖子想表达的意思是我的处理方式是否可行谢谢您！

这个你说的肯定不行，我的建议是你先试了再说。。

残基名，你自己能分得清就行，gromacs以原子名或者原子编号来认的。比如一个分子，残基名都是MOL，但是原子是C00, C01之类的。重点是原子名，而不是残基名
[ atoms ]
; nr    type  resnr residue  atom cgnr    charge    mass
   1 opls_800    1 MOL C00    1 -0.0787 12.0110
   2 opls_801    1 MOL C01    1 -0.1773 12.0110
   3 opls_802    1 MOL C02    1 -0.0478 12.0110

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-9-18 11:24:06

牧生发表于 2021-9-18 11:07
可是如果不管pdb中的名字话 packmol组建完盒子后的box.pdb依旧是原来的名字而后续无论无论是nvt还是npt ...

好的谢谢您！我去试

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