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[GROMACS] 如何利用GROMACS计算体系的吉布斯自由能和亥姆霍兹自由能

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本人想利用GROMACS计算液体分子混合体系的吉布斯自由能,看了本站的部分帖子,需要利用如下图所示公式计算,利用gmx energy可提取体系的焓和内能,但是怎么计算出亥姆霍兹自由能以及吉布斯自由能呢



出处:北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX

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发表于 Post on 2021-5-17 16:40:44 | 只看该作者 Only view this author
gmx energy把能量数据导出来,自行照着公式算就完了,求平均这种事origin、excel等都可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-17 18:13:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sungl123456 于 2021-5-17 18:14 编辑
sobereva 发表于 2021-5-17 16:40
gmx energy把能量数据导出来,自行照着公式算就完了,求平均这种事origin、excel等都可以

老师可否把需要提取的哪一项说的明白些,我还是没懂这个公式内部含义C:\Users\long\Desktop\gmx_energy提取项.JPG

gmx_energy提取项.JPG (70.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

gmx_energy提取项.JPG

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发表于 Post on 2021-5-17 18:14:34 | 只看该作者 Only view this author
想算自由能自有其方法,你先把想描述的物理化学过程想好,这么算没法互相比较,也没太大意义。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-17 18:19:23 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2021-5-17 18:14
想算自由能自有其方法,你先把想描述的物理化学过程想好,这么算没法互相比较,也没太大意义。

好吧,感谢

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发表于 Post on 2021-5-17 21:18:08 | 只看该作者 Only view this author
请教一下老师,通过1楼图中公式求得的自由能和通过重要性采样得到的自由能分别指什么呢,可以理解为前者采样不足,后者采样更充分么?
God's in his heaven,all is right with the world

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发表于 Post on 2021-5-17 23:12:26 | 只看该作者 Only view this author
sungl123456 发表于 2021-5-17 18:13
老师可否把需要提取的哪一项说的明白些,我还是没懂这个公式内部含义

E=内能=动能+势能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-18 09:00:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-17 23:12
E=内能=动能+势能

好的,明白了,感谢老师

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发表于 Post on 2025-1-8 20:55:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-17 16:40
gmx energy把能量数据导出来,自行照着公式算就完了,求平均这种事origin、excel等都可以

sob老师,用上面第一个公式计算得到A就等于E吧?

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发表于 Post on 2025-1-9 03:07:22 | 只看该作者 Only view this author
yangjunfang 发表于 2025-1-8 20:55
sob老师,用上面第一个公式计算得到A就等于E吧?

显然不是
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