如何用ORCA模拟固态发光的单三态之间的SOC矩阵元？

暖空 · 发表于 Post on 2019-11-26 19:12:12

各位老师好！
最近在学习用Gaussian中的oniom模拟固态发光，高层的QM区域就一个分子，低层的MM层有很多同种分子。
现在想在考虑MM层和QM之间相互作用的前提下计算Sn和Tn之间的旋轨耦合矩阵元，请问可以用ORCA算吗？r如果可以的话，请问怎么处理MM区域的分子呢？

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2019-11-26 19:44:26

高斯的话可以把MM部分当做背景电荷的方式来考虑，具体请参考charge关键词。
我记得ORCA也有类似于Gaussian的Charge这样的关键词，搜一搜手册便知。

暖空 · 发表于 Post on 2019-11-26 21:21:09

让你变成回忆发表于 2019-11-26 19:44
高斯的话可以把MM部分当做背景电荷的方式来考虑，具体请参考charge关键词。
我记得ORCA也有类似于Gaussian ...

嗯嗯，可以做就行，我翻翻手册，谢啦！

暖空 · 发表于 Post on 2019-11-28 21:44:06

本帖最后由暖空于 2019-11-28 21:46 编辑

让你变成回忆发表于 2019-11-26 19:44
高斯的话可以把MM部分当做背景电荷的方式来考虑，具体请参考charge关键词。
我记得ORCA也有类似于Gaussian ...

嗨，您好！
在ORCA中把MM层设为点电荷计算QM区域SOC矩阵元的计算我跑出来了，但是不清楚自己的做法是否正确，所以又来麻烦您啦。

我查找了ORCA 4.1.2 的手册在里面找到了关于点电荷设置的描述，并且做了相关的SOC计算，可以正常结束。

我翻看了ORCA的输出，运算过程中也计算了MM区，感觉应该没啥问题。不过在手册中写到设置点电荷的方式有两种（计算的原理不太一样）：

第一种，如果设置的点电荷比较少的话，直接在坐标后面加点电荷和相应的坐标；
第二种，适合上千的点电荷，需要设置一个额外的电荷文件。但是我的理解是这种额外的电荷文件适合的是QM软件结合MM软件计算的QM/MM。

所以，虽然我的MM层也有两千多个原子，但是我还是用的第一种设置点电荷的方式（手册中说的适合设置较少点电荷的那种）。

手册中的后两种设置方法我也都尝试了，都报错了，我还单独计算了QM区域的SOC矩阵元(没设MM层的电荷)，和设置了MM层的电荷的结果几乎没差别...

ORCA 4.1.2中关于设置点电荷的描述和我把MM层电荷直接加到QM坐标后面的输出已上传，麻烦大神有时间帮我瞄一眼我的做法和理解对不对，谢谢啦！

ORCA_point charges.pdf (267.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 59)

orca-soc.rar (145.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2019-11-29 08:27:24

暖空发表于 2019-11-28 21:44
嗨，您好！
在ORCA中把MM层设为点电荷计算QM区域SOC矩阵元的计算我跑出来了，但是不清楚自己的做法是否 ...

不好意思，在ORCA中使用charge我也没做过，当初也是简单浏览过手册，没有做实际的测试。

暖空 · 发表于 Post on 2019-11-29 08:46:30

让你变成回忆发表于 2019-11-29 08:27
不好意思，在ORCA中使用charge我也没做过，当初也是简单浏览过手册，没有做实际的测试。

嗯嗯，那我再找找资料，感谢回复

wugaiyan · 发表于 Post on 2021-8-29 22:13:18

你好，我最近在做和你这篇工作一样的计算，你的背景电荷是怎么得到的？

暖空 · 发表于 Post on 2021-8-29 22:52:41

wugaiyan 发表于 2021-8-29 22:13
你好，我最近在做和你这篇工作一样的计算，你的背景电荷是怎么得到的？

我的MM层和QM层都是一样的分子，我是用RESP拟合了一个分子的原子电荷，然后用sob老师写的setcharge小程序再把电荷赋给每个分子，你搜一下RESP，sob老师写过一个帖子

wugaiyan · 发表于 Post on 2021-8-30 08:55:46

暖空发表于 2021-8-29 22:52
我的MM层和QM层都是一样的分子，我是用RESP拟合了一个分子的原子电荷，然后用sob老师写的setcharge小程序 ...

好的谢谢

annaqz · 发表于 Post on 2021-11-2 17:32:50

你好，问下我用类似方法加入了背景电荷，在做结构优化的时候，报错，Unknown element symbol: 'Q'
这个问题你遇到过吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-2 18:31:00

annaqz 发表于 2021-11-2 10:32
你好，问下我用类似方法加入了背景电荷，在做结构优化的时候，报错，Unknown element symbol: 'Q'
这个问 ...

如果要带着背景电荷做结构优化，光用点电荷是不行的，必须用QM/MM，因为必须包括QM区和MM区之间的非静电相互作用。可以参见orca说明书的QM/MM章节

annaqz · 发表于 Post on 2021-11-2 18:59:47

wzkchem5 发表于 2021-11-2 18:31
如果要带着背景电荷做结构优化，光用点电荷是不行的，必须用QM/MM，因为必须包括QM区和MM区之间的非静电 ...

好的，非常感谢。其实我是之前也翻阅了手册里QM/MM的一些资料，但是感觉看完有点迷糊。我现在想算一个团簇，中心分子2000多个原子，环境分子800多个原子。按照http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html计算得到了CHELPG电荷。然后我想对这个体系进行结构优化。能否采用xtb方法呢？这个关键词要怎么写呢？!QMMM Opt xtb
%qmmm ？我找了一下手册中xtb部分，没看到相关的说明。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-2 19:40:02

annaqz 发表于 2021-11-2 11:59
好的，非常感谢。其实我是之前也翻阅了手册里QM/MM的一些资料，但是感觉看完有点迷糊。我现在想算一个团 ...

这个中心区太大了，与其选这么大的中心区域然后用xtb，不如选200个原子左右的区域用DFT，外面用xtb

annaqz · 发表于 Post on 2021-11-2 20:44:14

wzkchem5 发表于 2021-11-2 19:40
这个中心区太大了，与其选这么大的中心区域然后用xtb，不如选200个原子左右的区域用DFT，外面用xtb

好的，那我试一下。非常感谢！！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[ORCA] 如何用ORCA模拟固态发光的单三态之间的SOC矩阵元？

浏览过的版块