请问大家关于扩散系数D与MSD的问题

namd学者 · 发表于 Post on 2021-11-5 16:42:02

我的体系是一个磷脂膜体系，使用的分子模拟软件是NAMD和VMD。想请问下各位老师：1.最近想求MSD曲线，然后用RMSD Trajectory Tool计算了磷脂分子的RMSD，然后对RMSD进行平方就是MSD曲线了吗？
2.RMSD按理来说到后面是比较平稳的，那么MSD曲线不应该也是平稳的吗，那怎样拟合MSD曲线来扩散系数D呢？
谢谢各位老师。下图是我导出RMSD数据并求平方后得到的MSD线。

k64_cc · 发表于 Post on 2021-11-6 13:58:11

那啥，磷脂扩散是二维的。

namd学者 · 发表于 Post on 2021-11-6 19:16:52

k64_cc 发表于 2021-11-6 13:58
那啥，磷脂扩散是二维的。

老师，二维是啥意思啊。是磷脂不需要求MSD的意思吗。

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-11-7 21:21:59

namd学者发表于 2021-11-6 19:16
老师，二维是啥意思啊。是磷脂不需要求MSD的意思吗。

只在膜内扩散吧

k64_cc · 发表于 Post on 2021-11-7 22:39:19

namd学者发表于 2021-11-6 19:16
老师，二维是啥意思啊。是磷脂不需要求MSD的意思吗。

正如楼上所说，只在膜内扩散。

建议看看文献，磷脂扩散的计算研究是一个已经被做到很难有新意的课题，具体咋算文献里有的是。

丁越 · 发表于 Post on 2021-11-8 09:39:44

本帖最后由丁越于 2023-1-8 18:46 编辑

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VMD] 请问大家关于扩散系数D与MSD的问题

浏览过的版块