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[配置讨论] 第一次自己买机器计算,大家看看配置报价合理不?

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品称
规格
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单价
总价
1
主板
ASUS-Z10PA-D8
1
¥2,940.00
¥2,940.00
2
内存
金士顿16G ddr4 RECC
4
¥960.00
¥3,840.00
3
硬盘
ST2000NM0033 企业
1
¥936.00
¥936.00
4
CPU
XEON-E5 2630 V3
2
¥4,780.00
¥9,560.00
5
电源
台达CAA-550ct双8P
1
¥984.00
¥984.00
6
显卡
板载
0
¥0.00
¥0.00
7
机箱
ASUS塔式机箱
1
¥900.00
¥900.00
8
光驱
DVDRW
1
¥180.00
¥180.00
9
CPU散热器
散热系统
2
¥180.00
¥360.00
10
网卡
1000M PCI-E
2
¥150.00
¥300.00
各位高手,本人虽然做了几年计算,但是对工作站这块儿是知之甚少,上面的机器配置我是不是买的稍贵了点?这台机器已经买回来组装好了,我能否在器械硬盘上安装双系统(win7和linux),办公用win7,计算用linux。还有就是能否指点下:linux安装什么版本做gaussian计算合适?针对这个配置还有什么注意事项望各位指教,看了本论坛的帖子,好多提到关闭超线程,我的要关闭超线程吗?

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发表于 Post on 2015-12-10 23:32:12 | 只看该作者 Only view this author
主板、电源、机箱选的都偏贵。网卡其实都不用买,是集成的。

可以双系统,但如果嫌切换麻烦,用vmware装虚拟的linux会方便得多得多得多。
g09 D.01就行。
关闭超线程是计算化学界严重的以讹传讹,本论坛里也已经澄清很多次了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-12-11 08:14:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-10 23:32
主板、电源、机箱选的都偏贵。网卡其实都不用买,是集成的。

可以双系统,但如果嫌切换麻烦,用vmware装 ...

god,师兄昨天还和我说让我把服务器的超线程关了,因为那样会影响到高斯的并行……………………另外,sob老师,我想问一下,开机开始的时候有一个Logical,里面设置开或关对计算有什么影响?(Logical改的是不是超线程呢?师兄说那个是,然后选择了disabled)
淡泊以明志,宁静以致远。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-11 08:29:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-10 23:32
主板、电源、机箱选的都偏贵。网卡其实都不用买,是集成的。

可以双系统,但如果嫌切换麻烦,用vmware装 ...

多谢sob老师这么快回复。装虚拟的linux不会影响计算速度是吗?请问sob老师何种linux更合适g09计算?先谢谢了

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发表于 Post on 2015-12-11 08:53:54 | 只看该作者 Only view this author
otakuswm 发表于 2015-12-11 08:29
多谢sob老师这么快回复。装虚拟的linux不会影响计算速度是吗?请问sob老师何种linux更合适g09计算?先谢 ...

你设置好了需要的内存和CPU核数,就没有问题,本论坛最推荐的就是红帽企业版了6.5还是7.0都行

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发表于 Post on 2015-12-11 16:56:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-10 23:32
主板、电源、机箱选的都偏贵。网卡其实都不用买,是集成的。

可以双系统,但如果嫌切换麻烦,用vmware装 ...

关于超线程,我想插一句

自己用的机器,我同意你的观点,超线程不用关,多少个实际核心就提交多少个任务;

课题组公共的集群,超线程一定要关掉!
要不然各种管理软件(包括top)显示只用了50%的CPU,会被别人抢
比如并行的任务,某个人用10台计算机在一起做mpi并行,其中只要一台被别人抢了几个核,整体就会慢下来,另外9台机器的cpu也就浪费了

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发表于 Post on 2015-12-11 17:40:04 | 只看该作者 Only view this author
otakuswm 发表于 2015-12-11 08:29
多谢sob老师这么快回复。装虚拟的linux不会影响计算速度是吗?请问sob老师何种linux更合适g09计算?先谢 ...


我习惯用RHEL6或7。
虚拟机里跑高斯和你实际装个linux跑高斯速度几乎没差别,而且不影响你windows前台干任何事,文件互拷还很方便一拖拽就行,而且还能方便地给虚拟机做镜像以防玩坏。只要你的机子windows和linux需要同时用,就一定要装虚拟机。如果机子仅仅用于计算,就装实体linux。

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发表于 Post on 2015-12-11 17:42:41 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-12-11 08:14
god,师兄昨天还和我说让我把服务器的超线程关了,因为那样会影响到高斯的并行……………………另外,sob ...


根本不会影响并行,都是以讹传讹,对于轻信、传播谣言也不知道自己去检验的做法我十分鄙夷。
有多少物理核心计算时就最多分配多少核心。而且即便用了超线程虚拟出的逻辑核心,往往也会有微量速度提升而不一定造成速度下降。
logical不知道你具体指什么,有个照片一看就知道了。

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发表于 Post on 2015-12-11 20:36:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-11 17:42
根本不会影响并行,都是以讹传讹,对于轻信、传播谣言也不知道自己去检验的做法我十分鄙夷。
有多少物 ...

哦,这样啊。不过老师我们是大型服务器,6楼说开启了,别人并行会抢了自己的核,不知是否真的如此。唉,我师兄竟然还和我说,超线程会限制多核变为单核计算,不合算,所以为了加快效率,要关了超线程。。。。。。。我还把这句话记在了本本上。。。。。关于logical的图片老师明天在论坛的这里贴出来,到时候麻烦sob老师帮忙看一眼,以正吾之视听,先谢谢sob大神。
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发表于 Post on 2015-12-11 23:14:57 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-12-11 20:36
哦,这样啊。不过老师我们是大型服务器,6楼说开启了,别人并行会抢了自己的核,不知是否真的如此。唉, ...

一下讨论假设机器有8个核、最多16个逻辑线程,如果没有排队系统限制,别人又不自觉,只跑8个核心会显示50% CPU,所以就会有人上去跑;关了超线程就会显示100%,大家就知道满了。这就是个自觉问题,即使100%了也还是能接着提交。

如果有排队系统,做好配置,要求一个quene只能用8个核。这样若系统有8个核正在跑,再提交就会排队;比如正在用6个核,再提交4核任务、即使机器有16个逻辑线程也不会跑,必须等到6核任务跑完。

如果有排队系统还有这个问题那就是软件没配好。

Logical的disable应该(很可能)就是关超线程,试一下就知道了。

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发表于 Post on 2015-12-12 08:50:02 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-12-11 23:14
一下讨论假设机器有8个核、最多16个逻辑线程,如果没有排队系统限制,别人又不自觉,只跑8个核心会显示50 ...

谢谢Li老师,您帮我看一下,这个应该是超线程吧?
这超线程和排队系统有什么关系?

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发表于 Post on 2015-12-12 10:34:14 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-12-12 08:50
谢谢Li老师,您帮我看一下,这个应该是超线程吧?
这超线程和排队系统有什么关系?

Logical Processor 是控制超线程的,自己用的机器没必要关掉
Logical Processor Idling 是另外一个东西,一般默认是关的,Dell官方文档上说老的Linux内核开这个选项会出问题,我没测试过

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发表于 Post on 2015-12-12 14:58:20 | 只看该作者 Only view this author
root 发表于 2015-12-12 10:34
Logical Processor 是控制超线程的,自己用的机器没必要关掉
Logical Processor Idling 是另外一个东西 ...

那集群服务器的关掉可不可以呢?
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发表于 Post on 2015-12-12 18:37:32 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-12-12 14:58
那集群服务器的关掉可不可以呢?


不要关。
和组里的人打好招呼,让人人知道有多少物理核心。
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发表于 Post on 2015-12-12 19:27:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-12 18:37
不要关。
和组里的人打好招呼,让人人知道有多少物理核心。

懂了,理由前面的我都看过了,再次谢谢大家。我就算排除万难也得和组里的人讲清楚,如果他们都还不信,我就真做测试让他们信了为止。感谢大家。
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