求助，如何向外行说明gromacs计算的正确性

qingqingdong

各位老师好，上周开组会关于我做的蛋白质-配体在金上的吸附，有位老师提问了很多关于gromacs的问题（质疑），由于我才疏学浅，对gromacs以及分子动力学学习不够深刻，对一些问题我深觉不对却不知如何反驳，恳请各位老师指教。（该老师是做生物领域的，不过是实验方向）
我的模拟：在库里下载了蛋白质-配体复合物的pdb文件，然后将蛋白质与配体分开一点距离，做MD，观察两者是否能结合


1、对于在分子动力学轨迹中看到的蛋白质与配体的结合趋势，gromacs是如何判断并使两个物质结合上的？
2、gromacs软件能识别哪块作用力更强吗（选定结合位点）
3、计算是可以任意调初始参数的，那就算得到的想要的结果，又如何验证结果的正确性呢
4、蛋白质与配体结合有优势位点吗，分子动力学能进行预测吗
5、对于实验与计算如何相互验证（宏观与微观的鸿沟）
6、分子动力学每次的结果都不同，有的甚至差异很大，那是什么原因，做多少次模拟才能认为看到的趋势是正确的
7、（我的问题）关于数据处理我想问一下如果配体也是蛋白质，那如何分别计算蛋白质和配体的RMSD以及配体相对于蛋白质的RMSD

thou

6、http://sobereva.com/88

sobereva

1 动力学模拟本来就自发出现的过程。没有什么gromacs判断一说

2 算配体结合在蛋白不同位置上的结合自由能。没有什么gromacs识别一说

3 根据分子模拟基本常识和经验，判断模拟设置是否合理、能说明实际问题

4 看具体研究什么问题。诸如结合自由能，实验上能测，也能理论计算

7 gmx rms会让你选择对哪个组消除平动转动，以及对哪个组计算RMSD，相应地选择就完了。诸如计算配体相对于蛋白质的运动，就把蛋白质设置消平动转动的组，计算配体的RMSD

比如北京科音分子动力学与GROMACS培训班里这个例子

qingqingdong

thou 发表于 2023-4-26 22:52
6、http://sobereva.com/88

多谢！我好好研究一下

qingqingdong

sobereva 发表于 2023-4-27 00:01
1 动力学模拟本来就自发出现的过程。没有什么gromacs判断一说

2 算配体结合在蛋白不同位置上的结合自由 ...

感谢回复！对于第7条我还有疑惑，因为我的模拟中配体也是蛋白质，所以我做的时候是当做一个蛋白质整体来做的（蛋白质和配体各为一条链），分组中并没有MOL这一选项（课程我有看过多次），请问该如何做呢（index.ndx内容下面贴出）

qingqingdong

index.ndx内容

tsgyls

qingqingdong 发表于 2023-4-27 09:32
感谢回复！对于第7条我还有疑惑，因为我的模拟中配体也是蛋白质，所以我做的时候是当做一个蛋白质整体来 ...

找到你的配体的原子的编号，在index.ndx中直接手动添加需要的组，你打开index.ndx就知道怎么添加了。原子的编号可以用VMD之类的软件找（但是VMD是从0开始编号，gromacs是从1开始编号的，记得加1）

qingqingdong

tsgyls 发表于 2023-4-27 15:47
找到你的配体的原子的编号，在index.ndx中直接手动添加需要的组，你打开index.ndx就知道怎么添加了。原子 ...

明白了，多谢！