求助：Gaussian计算是否还在进行

wangy0822 · 发表于 Post on 2022-7-27 19:54:44

各位老师大家好，请教一下大家计算频率的任务卡在这挺久了（计算积分二阶导数），一天多了，任务是不是还在算，是不是因为体系太大（2000多个原子，用了ONIOM模型，High层80个原子，B3LYP-D3/6-311g（d,p），Low层2080个原子，PM6-D3），是不是这部分较慢，等着就行了，各位老师能不能估计下计算时间。谢谢大家

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-27 20:30:17

用top或者ps aux可以看高斯是否还在运行

wangy0822 · 发表于 Post on 2022-7-27 20:40:19

wzkchem5 发表于 2022-7-27 20:30
用top或者ps aux可以看高斯是否还在运行

您好，Gaussian还在运行，这样是不是就是正在计算频率，只是比较慢，等着就行了。

wangy0822 · 发表于 Post on 2022-7-28 09:19:44

是不是因为我的opt和freq是分开算的，导致freq时没有之前opt的计算积分一阶导数所以比较慢

如果是这样，那能不能把优化最后一帧拿出，再做opt freq

乐平 · 发表于 Post on 2022-7-28 10:34:19

wangy0822 发表于 2022-7-28 09:19
是不是因为我的opt和freq是分开算的，导致freq时没有之前opt的计算积分一阶导数所以比较慢

如果是这样， ...

你可以在输入文件里读 .chk 文件里的信息

%chk= 你之前 opt 得到的 .chk 文件名
# 开头的一行加上 goem=check guess=read

wangy0822 · 发表于 Post on 2022-7-28 10:41:08

乐平发表于 2022-7-28 10:34
你可以在输入文件里读 .chk 文件里的信息

%chk= 你之前 opt 得到的 .chk 文件名

感谢您的解答，因为我现在不知道是不是因为这个原因导致的卡在这很久，或者是因为体系太大计算这部分本身就比较慢。所以不知道是继续等着还是怎么办

乐平 · 发表于 Post on 2022-7-28 10:58:05

本帖最后由乐平于 2022-7-28 11:02 编辑

wangy0822 发表于 2022-7-28 10:41
感谢您的解答，因为我现在不知道是不是因为这个原因导致的卡在这很久，或者是因为体系太大计算这部分本身 ...

2000多个原子当然很慢

你 ssh 登录到计算节点，输入 top 看看是不是有 l1002 的计算进程。
如果有，就说明在进行频率计算。
至于要算多久，取决于 CPU，内存，以及你计算体系的大小（原子个数）。
当然还要看硬盘空间是否充足（能否临时保存较大的 .rwf 文件），如果硬盘空间不足，可能计算中途会断掉。

我不太清楚能不能不计算 Low 层的 2080 个原子的频率……

wangy0822 · 发表于 Post on 2022-7-28 11:04:10

本帖最后由 wangy0822 于 2022-7-28 11:06 编辑

乐平发表于 2022-7-28 10:58
2000多个原子当然很慢

你 ssh 登录到计算节点，输入 top 看看是不是有 l1002 的计算进程。

感谢您的解答，Gaussian任务正在运行，在等等看吧，我在优化和频率计算时已经把Low层固定了

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-28 20:49:55

wangy0822 发表于 2022-7-28 09:19
是不是因为我的opt和freq是分开算的，导致freq时没有之前opt的计算积分一阶导数所以比较慢

如果是这样， ...

跟这没关系
opt freq相对于opt和freq单独做来说，唯一省时间的在于freq时默认读取opt最后产生的波函数当初猜。自己写guess=read也一样

如果没有对相对小一些的体系在同等级别下计算成功的经验，不要一下子就算巨大体系，否则什么时候能算完心里完全没数

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