求助packmol建模怎么让分子尽量随机分布不聚集

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-3-6 10:57:36

本帖最后由 zhangfaxue 于 2024-3-6 10:58 编辑

1、采用如下inp，设置radius 2 分子聚集很近
tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output ASP.pdb

structure C5Pe.pdb
  number 40
  inside box 0. 0. 0. 60. 60. 60
  radius 2
end structure

修改radius 4 ，提示如下，但是输出了结果如图所示，请问可以忽略该提示直接是用输出的pdb进行后续的md吗

聚集程度较上次减小

2、我的目的是模拟分子的聚集特征，所以尽量让他刚开始是分散的，使用该方法想观察到他的聚集过程，希望他随机分散更符合实际情况。但是我在考虑能否直接固定每个分子的位置然后让他有序的像层状排列一样放置，这样她就不存在一开始就有聚集体的情况了，但是这样合理吗？别人质疑建模的合理性该如何解释？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-6 14:57:41

用gmx insert-molecules随机往盒子里插入分子。没必要非得用packmol

得到的结构没明显不合理接触就算合理

deanvs · 发表于 Post on 2024-3-7 09:18:24

兄弟，你这个是沥青的吧？我能问一下，你们沥青的结构是哪来的吗

牧生 · 发表于 Post on 2024-3-7 09:35:16

deanvs 发表于 2024-3-7 09:18
兄弟，你这个是沥青的吧？我能问一下，你们沥青的结构是哪来的吗

很多文献都公开了典型的沥青的结构式啊，一般都是各种乱七八糟的环状化合物，各尽不同。

比如你看看这个文章里面的支撑信息
http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-3-7 14:37:40

sobereva 发表于 2024-3-6 14:57
用gmx insert-molecules随机往盒子里插入分子。没必要非得用packmol

得到的结构没明显不合理接触就算合 ...

谢谢老师的解答！

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-3-7 15:03:09

deanvs 发表于 2024-3-7 09:18
兄弟，你这个是沥青的吧？我能问一下，你们沥青的结构是哪来的吗

文献里面阐述了很多沥青的结构，我都是参考文献使用的

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[综合交流] 求助packmol建模怎么让分子尽量随机分布不聚集

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