关于构建8M尿素溶液动力学模拟问题

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-12-26 19:24:30

各位老师好，本人最近在自学gromacs,然后想动手做一做lysozyme在8M尿素溶液的变性过程，就按照网上教程来做，但是关于尿素分子的力场该怎么创建呢

我之前做多小分子GAFF力场，就有点凌乱，lysozyme我是直接用的gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
但GAFF不能构建尿素分子力场和这个命令构建的lysozyme力场混用吧，不好意思小白问题耽误大家了，实在搞不懂

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-26 23:32:33

acpype构建GAFF力场的尿素的拓扑文件（原子电荷最好用RESP2(0.5)，看《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》http://sobereva.com/531），蛋白质用AMBER14SB力场，完美兼容

naoki · 发表于 Post on 2021-12-27 11:42:19

btw. 模拟lysozyme可以注意下二硫键是否打开，有的实验用TCEP还原了二硫键，使得变性更充分。可以在pdb2gmx的时候用-ss定义

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-12-27 21:12:45

sobereva 发表于 2021-12-26 23:32
acpype构建GAFF力场的尿素的拓扑文件（原子电荷最好用RESP2(0.5)，看《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn ...

谢谢老师，我知道啦，我去看看安装AMBER14SB力场，然后想问问老师有没有其他也可以兼容的AMBER力场可以使用的呢

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-12-27 21:13:05

naoki 发表于 2021-12-27 11:42
btw. 模拟lysozyme可以注意下二硫键是否打开，有的实验用TCEP还原了二硫键，使得变性更充分。可以在pdb2gmx ...

感谢老师，不说我肯定不会注意的，我去问问

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-28 21:34:00

飒飒萨达发表于 2021-12-27 21:12
谢谢老师，我知道啦，我去看看安装AMBER14SB力场，然后想问问老师有没有其他也可以兼容的AMBER力场可以使 ...

如果是针对有机小分子范畴，没有

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