关于Metadynamics填充高斯波包的疑问

函数与激情

我最近看到一篇PCCP上使用metadynamics做应用的一篇文献（Phys. Chem. Chem. Phys., 2020, 22, 22796--22804），其中一张关于自由能随着时间变化的图不太能理解，如图所示，
在10 ns时，波包填充了黑色线以下的区域，60 ns后填充完绿色点线以下的区域，如果metadynamics收敛的话，FES应该不再变化或者继续按照这个趋势往上填充，为什么100 ns后FES填充的部分在60 ns下方呢？初学metadynamics，希望有熟悉这方面的老师不吝赐教！

biogon

他这图是不是画错了，顺序明显不对

函数与激情

biogon 发表于 2022-1-6 10:27
他这图是不是画错了，顺序明显不对

应该没有画错，这是原文中的描述
[For better convergence of the free energy profile, the ‘tagged’ particle needs to sample a significant fraction of the individual local minima and the saddle points connecting them. For instance, in Fig. 5, the free energy barrier measures 0.24 eV after 10 ns, while from 20 ns onward, the barrier starts converging, and settles to the value of 0.34 eV over the period of 100 ns]
还有个图也是类似的趋势，我倾向于他没有画错，因为在我的MTD FES里也遇到了类似的问题

fhh2626

当然是可能的，自由能面是相对高度，其他地方高了就相当于最高点下降了

函数与激情

fhh2626 发表于 2022-1-6 10:49
当然是可能的，自由能面是相对高度，其他地方高了就相当于最高点下降了

这样呀，谢谢付博士！