求助：ORCA做扫描该怎样看扫描的能量图

米宝舞 · 发表于 Post on 2022-1-6 22:55:09

老师好:
   我用ORCA做了扫描，有如下疑问，还请各位老师指导：
         1）输出文件有很多.xyz、.tmp、.gbw文件，首先怎样确定哪个文件是接近TS的结构，才能拿出来再进行优化得到过渡态？
         2）怎样查看扫描文件的能量图，例如附件中的图？用OfakeG程序将.out文件转换成伪造的高斯输出文件，也只能看到一个结构。
         相关文件已上传附件。还请各位老师帮忙看看问题出在哪里，谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-1-6 23:28:52

包含分子结构的是xyz文件。
你现在的扫描结果有严重的hysteresis（扫描到某个键长以后能量不连续地大幅度下跌），说明你选取的扫描坐标不合适，或者说这个反应不止是变了你扫的这根键，其他的内坐标也有很大变化。把能量出现突变前后的xyz文件用任何一种能打开xyz文件的分子结构可视化软件打开，看看分子结构在这一点是怎么变的，由此判断需要改成扫什么坐标，然后重新做扫描。

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-7 04:03:59

1 肉眼看结构，结合化学直觉以及能量判断
2 xyz文件里注释行直接就有相应帧的能量，grep就能提出来，之后qtgrace、origin之类都能画图，结构用VMD看

米宝舞 · 发表于 Post on 2022-1-7 08:49:28

wzkchem5 发表于 2022-1-6 23:28
包含分子结构的是xyz文件。
你现在的扫描结果有严重的hysteresis（扫描到某个键长以后能量不连续地大幅度 ...

好的谢谢老师的回复

米宝舞 · 发表于 Post on 2022-1-7 08:50:05

本帖最后由米宝舞于 2022-1-7 12:12 编辑

sobereva 发表于 2022-1-7 04:03
1 肉眼看结构，结合化学直觉以及能量判断
2 xyz文件里注释行直接就有相应帧的能量，grep就能提出来，之后q ...

好的谢谢老师的回复老师，对应含有能量的trj.xyz文件相应帧有1800多个能量值，但是扫描结构文件.xyz才有25个，是否是trj.xyz文件前25个能量值对应扫描出来的.xyz文件中的25个结构的能量吗？
相应文件已添加附件。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-1-7 16:24:10

米宝舞发表于 2022-1-7 01:50
好的谢谢老师的回复老师，对应含有能量的trj.xyz文件相应帧有1800多个能量值，但是扫描结构 ...

不是
柔性扫描每扫一个键长都是一个限制性结构优化，所以每扫一个键长都会产生很多个结构，对应限制性结构优化里的每一帧。.xyz文件只包括每次限制性结构优化收敛的结构，而trj.xyz文件不仅包括限制性结构优化收敛的结构，还包括限制性结构优化过程中涉及的结构

米宝舞 · 发表于 Post on 2022-1-7 22:20:57

wzkchem5 发表于 2022-1-7 16:24
不是
柔性扫描每扫一个键长都是一个限制性结构优化，所以每扫一个键长都会产生很多个结构，对应限制性结 ...

好的非常感谢老师的解答我明白了

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