使用solvate向空心金管内填充水后，无论nvt或npt以后都出现真空区（已解决）

牧生

看了教程里面水中的碳纳米管，自己想进一步发挥。
想尝试模拟水在金属管道中的分布，且为了使用gpu加速，所以使用周期性的立方体系，让金管和水都具有周期性，初步思想是在立方体金块中挖走一个圆柱，然后往空圆柱里面填充水

①使用VMD建立了一个金块，然后选择x>-100 and x<100 and (y^2+z^2)>30^2，得到一个空心的金管  （使用opls力场，参数是合适的，金原子并不会乱动，不会跑散）
②然后给这个空心金块加盒子gmx editconf -f AU-tube.pdb -o AU-tube-box.gro -d 0     （-d 0是为了刚好把盒子加在金块边缘，避免下一步填充水的时候，水进入盒子壁面和金的缝隙）
③然后填充水gmx solvate -cp AU-tube-box.gro -o AU-tube-box-water.pdb -p topol.top      （这样就能保证刚好把水全部加入内部的圆柱体之间）
④然后再  gmx editconf -f AU-tube-box-water.pdb -o AU-tube-box-water2.pdb -d 0.1    （然后再把盒子略扩大一点，不然em就容易卡住）
得到的图形如下，看起来没错


⑤然后能量最小化，得到图形且显示周期性，证明参数都合理，没有错误，周期性也没问题


⑥NPT以后，水柱两端出现了凹陷的真空区域，图形是这样的（如果NVT，照样是这样的）





感觉solvate并不能让真空区真正的“填满”水。
尝试过的办法：继续用solvate加水，但是再次能量极小化和npt以后，还是有真空区。
2022.1.22补充：多次填充水以后，现在看起来可以了


请大家帮忙看一下还能有什么办法，最直接，最简单的填满这个真空区

sobereva

有真空区就继续加水
只要水不断加进去，早晚能把窟窿填满
要么加水的时候在金属的孔洞里和四周都加水，用NPT模拟，之后肯定孔洞里能致密地充满水。之后再用VMD把金属连同窟窿里的水的部分取出来

牧生

感谢帮助。经过几次反复填充水，现在看起来可以了。
填充了8次，还能大约填充260个水。此时总水分子为19238个。。误差大约还需要1.35%水分子，觉得差不多了 。这样也可以了

2022.1.23补充，发现将空心金块完全浸入水中，NPT以后，再使用x>* and x<* and y>* and y<* and z>* and z<* ，直接取出想要的立方体，还可以让金属部分薄一些，减少金属原子的数量，从而减少计算量，这个命令更好用