计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 6152|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助 top文件中 itp文件的顺序问题

[复制链接 Copy URL]

58

帖子

0

威望

401

eV
积分
459

Level 3 能力者


请问各位老师,在top文件[molecules]字节中,各个分子的次序和数目需要和结构文件gro里的次序保持一致。我的问题是上面的各个itp文件有先后顺序吗?如图,①②③的次序可以随意更改吗?
小分子itp必须排在水分子itp前面吗?

92

帖子

0

威望

2363

eV
积分
2455

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2022-1-16 16:53:55 | 只看该作者 Only view this author
可以更改,不需要保持一致

58

帖子

0

威望

401

eV
积分
459

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-16 17:01:49 | 只看该作者 Only view this author
SpongeBob 发表于 2022-1-16 16:53
可以更改,不需要保持一致

好的,感谢您的解答!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120169

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-1-17 07:11:39 | 只看该作者 Only view this author
要搞懂gromacs拓扑文件的基本逻辑,否则总会在这种问题上糊涂

始终记住grompp看到的是所有被include的文件完全展开之后的状态,因此你只需要关注最终各个字段的出现顺序。所以在不知道被include的文件包含什么东西的前提下没法确切说文件的include的顺序能不能改。

而且还要记住[ position_restraints ]是对它前面那个[moleculetype]而言的,比如倘若你把2和3的位置改了,位置限制就成了对离子施加了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

58

帖子

0

威望

401

eV
积分
459

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-17 20:28:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-17 07:11
要搞懂gromacs拓扑文件的基本逻辑,否则总会在这种问题上糊涂

始终记住grompp看到的是所有被include的文 ...

明白了!谢谢老师!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 23:48 , Processed in 0.226730 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list