计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 414|回复 Reply: 4

[GROMACS] 求助 top文件中 itp文件的顺序问题

[复制链接 Copy URL]

23

帖子

0

威望

213

eV
积分
236

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-1-16 14:15:50 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
202201161409091703..png
请问各位老师,在top文件[molecules]字节中,各个分子的次序和数目需要和结构文件gro里的次序保持一致。我的问题是上面的各个itp文件有先后顺序吗?如图,①②③的次序可以随意更改吗?
小分子itp必须排在水分子itp前面吗?

90

帖子

0

威望

1066

eV
积分
1156

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-1-16 16:53:55 | 显示全部楼层 Show all
可以更改,不需要保持一致

23

帖子

0

威望

213

eV
积分
236

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-16 17:01:49 | 显示全部楼层 Show all
SpongeBob 发表于 2022-1-16 16:53
可以更改,不需要保持一致

好的,感谢您的解答!

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
81475

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2022-1-17 07:11:39 | 显示全部楼层 Show all
要搞懂gromacs拓扑文件的基本逻辑,否则总会在这种问题上糊涂

始终记住grompp看到的是所有被include的文件完全展开之后的状态,因此你只需要关注最终各个字段的出现顺序。所以在不知道被include的文件包含什么东西的前提下没法确切说文件的include的顺序能不能改。

而且还要记住[ position_restraints ]是对它前面那个[moleculetype]而言的,比如倘若你把2和3的位置改了,位置限制就成了对离子施加了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

23

帖子

0

威望

213

eV
积分
236

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-17 20:28:05 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-1-17 07:11
要搞懂gromacs拓扑文件的基本逻辑,否则总会在这种问题上糊涂

始终记住grompp看到的是所有被include的文 ...

明白了!谢谢老师!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-5-18 00:36 , Processed in 0.410718 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list