计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3441|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 计算环糊精和对硝基苯甲酸阴离子复合物的相互作用能?

[复制链接 Copy URL]

24

帖子

0

威望

175

eV
积分
199

Level 3 能力者

各位大佬好,如图,中性环糊精分子+对硝基苯甲酸阴离子复合物体系比较大,希望研究他们之间的相互作用:
1、请问这种是否带负电荷的复合物可以归结为弱相互作用范围?尤其是箭头处羧酸根阴离子和羟基直接的作用可以算是氢键作用吗?
2、这里的相互作用能是否等同于结合能?是否可以论坛里说的单点能之差,计算结合能BE呢?
3、大体系阴离子复合物算SP推荐用什么方法和基组?M062X/ma-TZVP是否足够?需要BSSE校正吗?前期算opt+freq时用M062X/6-311+g**很难收敛
4、这种体系里面的氢键能够利用您的2019,JCC文中的BCP方法算吗?或者说只能做IRI定性分析,而不能定量?
@sobereva

问题有点多,感谢各位不吝赐教!!

阴离子复合物.png (104.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

阴离子复合物

阴离子复合物

aCD-_pNBA_1-5_opt_000001.zip

1.81 MB, 下载次数 Times of downloads: 13

阴离子复合物

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-2-19 12:24:50 | 只看该作者 Only view this author
1 是。可
2 通常结合能是考虑变形能的,而相互作用能一般不考虑变形能
3 够。最好考虑counterpoise。优化用B3LYP-D3(BJ),没事甭用M06-2X优化。优化用6-311G*足矣(羧基部分可以带弥散)
4 可以考虑用下文的带电荷氢键的式子根据BCP属性估计
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

175

eV
积分
199

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-19 14:11:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-19 12:24
1 是。可
2 通常结合能是考虑变形能的,而相互作用能一般不考虑变形能
3 够。最好考虑counterpoise。优化 ...

但是社长我看您的JCC文章里面说, relatively large mono-mers, contribution of other parts of the monomers (particularly if these parts are polar or charged) will contribute prominently to the overall BE; as a result, the evaluated BE value cannot solely be pinpointed to the particular HB interaction

1、这种方式只适合两个小分子单体之间的?我这个体系这么大也适合BCP方法吗?而且还有电荷作用的,此时BE是否就不能看成是HB能量?
2、另外看之前的帖子,您不是有讨论说,BE=单点计算的电子能量之差吗?不需要考虑热力学校正和变形能?不是相互作用能才考虑变形能吗?

24

帖子

0

威望

175

eV
积分
199

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-19 15:01:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-19 12:24
1 是。可
2 通常结合能是考虑变形能的,而相互作用能一般不考虑变形能
3 够。最好考虑counterpoise。优化 ...

另外您说的给羧基带上弥散函数即可,这种混合基组该怎么写呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-2-19 20:02:53 | 只看该作者 Only view this author
Labber 发表于 2022-2-19 15:01
另外您说的给羧基带上弥散函数即可,这种混合基组该怎么写呢?

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

用原子序号指定
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2022-2-19 20:05:49 | 只看该作者 Only view this author
Labber 发表于 2022-2-19 14:11
但是社长我看您的JCC文章里面说, relatively large mono-mers, contribution of other parts of the mon ...

1 看你想讨论什么。如果你就拿这么估计出的氢键键能当做总的结合能,显然不合理,因为还有其它明显的相互作用。JCC那篇文章的做法对这种情况只适合用于把氢键作用能给孤立出来

2 看具体怎么定义的,不通文章用词不同,文章里直接给清楚定义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

175

eV
积分
199

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-23 11:06:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-19 12:24
1 是。可
2 通常结合能是考虑变形能的,而相互作用能一般不考虑变形能
3 够。最好考虑counterpoise。优化 ...

@sobereva 老师,还想请教您几个问题,基于这篇论文里面的计算细节:

1、应用您论文的计算方法必须要使用B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVPP这个级别算单点能吗?对我这种150个原子以上的大体系是否适用呢?
2、基于您的AIM/BCP计算氢键能,如果要分析成分贡献,是否还有必要再用PSI4做(SAPT)能量分解?或者说体系太大用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析比较好呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2022-2-23 18:43:28 | 只看该作者 Only view this author
Labber 发表于 2022-2-23 11:06
@sobereva 老师,还想请教您几个问题,基于这篇论文里面的计算细节:

1、应用您论文的计算方法必须要 ...

1 最好是。适用。算不动的话就去掉弥散,影响不会太大

2 下文里说了,JCC的文章里给出了一个SAPT能量成分和氢键总能量的近似关系,直接就能估计各个物理成分的贡献
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 23:21 , Processed in 0.182018 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list