求助：分子在.gro文件和.itp文件中原子顺序不同导致的原子名称不匹配

Rosefinch

我做的是石墨基底上有机小分子自组装方向的模拟，我在MS上搭建了整个体系的模型，然后导出来放到vmd中生成的.gro坐标文件；有机小分子的.itp文件是用sob老师分享的网站 LigParGen Server (yale.edu)生成的oplsaa力场的文件，但是出现了.gro文件中有机分子那部分原子的顺序与它.itp文件里的原子顺序不同的问题（见下图）

于是生成.tpr文件时出现了这些warning

因为无法知道.itp中的原子在.gro中是哪一个，所以我无法手动调整，想请问有什么好的办法可以让这两个文件中的原子匹配起来；或者说gromacs是否能自己识别，就不需要去解决了；再或者有什么一开始建模生成.gro文件就能避免这种情况的办法（那个网站生成有机分子itp文件时也会生成该分子单独的gro文件，这个文件中的原子倒是匹配的），恳请大家帮帮忙！！十分感谢！

牧生

我以前也有类似错误，但现在不会犯了
看第九楼
http://bbs.keinsci.com/thread-24586-1-1.html

Rosefinch

牧生 发表于 2022-3-3 17:29
我以前也有类似错误，但现在不会犯了
看第九楼
http://bbs.keinsci.com/thread-24586-1-1.html

感谢您的回复，但是我这个有机分子的原子数比较多，有68个，我按照您说的在Multiwfn中理过顺序之后，在ligpargen网站上生成的.itp文件里的原子顺序依旧是它自己定义的一个顺序，和提交的.pdb文件中的原子顺序没有关系。我也不知道.itp里面的H原子什么的对应着哪一个H，请问您知道怎么解决嘛？

牧生

Rosefinch 发表于 2022-3-3 21:26
感谢您的回复，但是我这个有机分子的原子数比较多，有68个，我按照您说的在Multiwfn中理过顺序之后，在li ...

68个也不算很多。如果用chemdraw画分子，并存为pdb，确实有可能和ligpargen给出的顺序不一样，但是也没关系，ligpargen会同时给出itp和gro，这二者一定是能对应起的。

如果实在强迫症要用pdb，那就gmx editconf -f XXX.gro -o XXX2.pdb转为pdb就可以了

Rosefinch

牧生 发表于 2022-3-3 21:33
68个也不算很多。如果用chemdraw画分子，并存为pdb，确实有可能和ligpargen给出的顺序不一样，但是也没关 ...

ligpargen给出的itp和gro里的原子顺序确实是对应的，那请问如何用它给的这个单分子的gro文件去组装成我一开始搭建好的自组装模型呀，我这个模型只需要4个这个分子。

sobereva

基于ligpargen给的gro文件去建模（毫无必要非得用M$。packmol、insert-molecules都可以插入小分子，你自己在VMD手动挪动小分子亦可）

另外，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生小分子拓扑文件可以直接避免原子序号被重排的问题，sobtop产生拓扑文件的过程中不会去重排序号

Rosefinch

sobereva 发表于 2022-3-3 22:36
基于ligpargen给的gro文件去建模（毫无必要非得用M$。packmol、insert-molecules都可以插入小分子，你自己 ...

好的，谢谢sob老师，我去试一下