通过Multiwfn生成含resp电荷的chg文件后，使用一个小py一键将resp电荷置换到mol2中

清梦星河

1、前言
我是使用Gromacs进行MD，配体生成步骤是：通过对接产生pdb文件，之后采用Avogadro打开，保存为mol2格式，这个保存的过程会自动给每个元素添加电荷，之后mol2上传CGenFF生成拓扑。Avogadro默认Gasteiger-Marsili Charges（Gasteiger 电荷）生成方式，但考虑到它不够精准，所以我想到Multiwfn生成的resp电荷来替换Gasteiger 电荷。


2、具体步骤
对接生成的pdb文件在Avodagro中加H保存为mol2imput.mol2格式如下，最后一列是（Gasteiger 电荷）：


@<TRIPOS>MOLECULE
*****
22 22 0 0 0
SMALL
GASTEIGER


@<TRIPOS>ATOM
      1 O          -2.3088    1.9039    0.1145 O.3     1  UNL1       -0.5033
      2 O          -3.4550   -0.4404    0.3606 O.3     1  UNL1       -0.5033
      3 N           2.7730   -0.9639    1.5848 N.3     1  UNL1       -0.3297
      4 C           2.0761   -0.1631   -0.7200 C.3     1  UNL1       -0.0152
      5 C           0.6087   -0.2610   -0.4476 C.ar    1  UNL1       -0.0425
      6 C           2.8535    0.1180    0.5894 C.3     1  UNL1       -0.0029
      7 C          -0.1467    0.9121   -0.3058 C.ar    1  UNL1       -0.0133
      8 C          -0.0019   -1.5040   -0.3171 C.ar    1  UNL1       -0.0549
      9 C          -1.5045    0.8218   -0.0335 C.ar    1  UNL1        0.1585

通过Multiwfn生成resp.chg文件：

O    -2.395142    1.740533    0.335477  -0.5406591096
O    -3.203401   -0.786862    0.393466  -0.5360249634
N     3.142763   -0.603936    1.215043  -1.0237492930
C     2.202132    0.414042   -0.926592  -0.3004859752
C     0.764747    0.066558   -0.631886   0.1711380986
C     3.044274    0.581812    0.358615   0.5622482232
C    -0.153700    1.075661   -0.313084  -0.3931634336
C     0.327001   -1.256440   -0.597310  -0.2705581837
C    -1.469531    0.783867    0.025380   0.2620223130

使用py小程序将二者组合成新的mol2文件：

@<TRIPOS>MOLECULE
*****
22 22 0 0 0
SMALL
GASTEIGER


@<TRIPOS>ATOM
      1 O          -2.3088    1.9039    0.1145 O.3     1  UNL1      -0.5406591096
      2 O          -3.4550   -0.4404    0.3606 O.3     1  UNL1      -0.5360249634
      3 N           2.7730   -0.9639    1.5848 N.3     1  UNL1      -1.0237492930
      4 C           2.0761   -0.1631   -0.7200 C.3     1  UNL1      -0.3004859752
      5 C           0.6087   -0.2610   -0.4476 C.ar    1  UNL1      0.1711380986
      6 C           2.8535    0.1180    0.5894 C.3     1  UNL1      0.5622482232
      7 C          -0.1467    0.9121   -0.3058 C.ar    1  UNL1      -0.3931634336
      8 C          -0.0019   -1.5040   -0.3171 C.ar    1  UNL1      -0.2705581837
      9 C          -1.5045    0.8218   -0.0335 C.ar    1  UNL1       0.2620223130



只需要将三个文件input.chg，input.mol2，chg_mol2.py放在同一目录下。在py文件最下方修改两个文件名。之后双击py程序文件即可运行生成output.mol2。
PS:py程序在附件中。

SiqiLee

尝试使用了一下，在集群下有一个小报错，如图，因此重新写了个脚本，可以直接在集群上转换，遇到同样问题的朋友可以试试~

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如果使用AMBER跑动力学需要生成frcmod，编辑增加了转换命令~

wangzheng

你好，那这个输入multiwfn的格式还是mol2莫，还是其他别的wfn，wfx，fch格式莫，就是到这一步有些疑惑

清梦星河

wangzheng 发表于 2025-5-28 00:10
你好，那这个输入multiwfn的格式还是mol2莫，还是其他别的wfn，wfx，fch格式莫，就是到这一步有些疑惑

mol2文件是对接结束后，输出的小分子格式。可被Gaussian识别并计算生成chk，转换为fchk后，导入到Multiwfn中生成chg文件。用对接生成的mol2和新生成的chg重新拟合为带resp的mol2文件。用它在sobtop中进行拓扑生成