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[GROMACS] 求助-关于gromacs进行频谱解析

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想尝试使用gromacs模拟外加电场体系,不清楚如何进行相关的频谱分析(傅里叶变化)呀?想请教gromacs有没有相应的分析指令,或是其他较为方便的分析软件或方法,还是说需要自己编程处理?

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发表于 Post on 2022-3-13 07:02:38 | 只看该作者 Only view this author
VMD的Extensions - Analysis里直接有IR Spectra density calculator
用这个前必须把原子电荷先载入VMD
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-13 13:11:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-13 07:02
VMD的Extensions - Analysis里直接有IR Spectra density calculator
用这个前必须把原子电荷先载入VMD

请问sob老师,这个可以得到光谱强度和频率的关系曲线吗?我尝试了一下,好像只做出了光谱密度的图像,我的设置应该没问题吧

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