计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2663|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] gromacs运行退火出现Parameter "tc-grps" doubly defined错误

[复制链接 Copy URL]

15

帖子

0

威望

97

eV
积分
112

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
蛋白体系,0-200ps由300K升到320K,随后在320K下模拟,mdp文件如下,运行后出现
ERROR 1 [file npt-nopr-md.mdp, line 31]:
  Parameter "tc-grps" doubly defined
请各位帮忙看看哪里出了问题?

integrator               = md
dt                       = 0.002
nsteps                   = 500000 ; 1000 ps

nstxout                 = 500
nstvout                 = 500
nstfout                 = 500
nstenergy               = 500
nstlog                  = 500
energygrps              = Protein Non-Protein

tc-grps  = Protein  Non-Protein
annealing = single  single
annealing_npoints = 2 2
annealing_time = 0 200 0 200
annealing_temp = 300 320 300 320

nstlist                  = 5
ns-type                  = Grid
pbc                      = xyz
rlist                    = 1.0

coulombtype              = PME
pme_order                = 4
fourierspacing           = 0.16
rcoulomb                 = 1.0
vdw-type                 = Cut-off
rvdw                     = 1.0

Tcoupl                   = v-rescale
tc-grps                  = Protein  Non-Protein
tau_t                    = 0.1      0.1
ref_t                    = 300      300

DispCorr                 = EnerPres

Pcoupl                   = Parrinello-Rahman
Pcoupltype               = Isotropic
tau_p                    = 2.0
compressibility          = 4.5e-5
ref_p                    = 1.0

gen_vel                  = no

constraints              = h-bonds
continuation             = yes
constraint_algorithm     = lincs
lincs_iter               = 1
lincs_order              = 4

1376

帖子

0

威望

3988

eV
积分
5364

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-3-15 13:26:19 | 只看该作者 Only view this author
tc-grps  出现了两次
又菜又爱玩

15

帖子

0

威望

97

eV
积分
112

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 14:32:52 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-3-15 13:26
tc-grps  出现了两次

谢谢!!如您所讲tc-grps删除了,可以运行了。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 10:58 , Processed in 0.149521 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list