求助，计算界面上的表面活性剂在Z轴上的倾斜角度

明园 · 发表于 Post on 2020-12-8 17:02:14

卢老师，我的体系是油/表面活性剂/水体系，想计算界面上表面活性剂沿Z轴的一个倾斜度。请问这个应该用什么命令。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-12-8 21:34:44

可以写tcl脚本通过vmd统计

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-9 02:41:28

用gmx gangle或许可以，我没试过，这种事我都喜欢自己写VMD tcl脚本，并不费事而且还灵活

明园 · 发表于 Post on 2020-12-9 14:26:04

sobereva 发表于 2020-12-9 02:41
用gmx gangle或许可以，我没试过，这种事我都喜欢自己写VMD tcl脚本，并不费事而且还灵活

卢老师，学生能力不足，对于tcl脚本学习不够，能不能麻烦您给我一个相关的脚本，我试着去改改。谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-9 14:41:42

明园发表于 2020-12-9 14:26
卢老师，学生能力不足，对于tcl脚本学习不够，能不能麻烦您给我一个相关的脚本，我试着去改改。谢谢老师 ...

这是原本计算alpha螺旋与z轴每一帧夹角的脚本。稍微改造一下，加个循环残基的代码即可

明园 · 发表于 Post on 2020-12-9 14:42:37

Lacrimosa 发表于 2020-12-8 21:34
可以写tcl脚本通过vmd统计

我太菜了，不会写

请问您有没有相关的脚本，谢谢你。

cokoy · 发表于 Post on 2020-12-9 15:52:07

明园发表于 2020-12-9 14:42
我太菜了，不会写请问您有没有相关的脚本，谢谢你。

你有在这做伸手党的时间，不如花个半天学下TCL语法。

明园 · 发表于 Post on 2020-12-9 15:58:32

本帖最后由明园于 2020-12-9 16:15 编辑

cokoy 发表于 2020-12-9 15:52
你有在这做伸手党的时间，不如花个半天学下TCL语法。

好的知道了

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-12-9 16:16:48

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-12-9 17:05 编辑

删了。

明园 · 发表于 Post on 2020-12-9 16:26:48

本帖最后由明园于 2020-12-9 16:34 编辑

liuyuje714 发表于 2020-12-9 16:16
你仿照sob给的那个截图绝对写得出来(命令不懂Google一下)，依葫芦画瓢的事情。每个人在实际中都会遇到各种 ...

谢谢我知道卢老师给的能做出来啊。我肯定还是要自己学习的，课题都是自己的，都需要自己去解决，在网上求助卢老师以及其他帮助过我的人我肯定从心底感谢的，大家都是无偿帮助我的，我明白。
您是觉得我是在怀疑卢老师脚本不对吗，我不会这么想的，我都参加卢老师的培训班了，我不会这么想的，我充分相信卢老师，也感谢老师对我的帮助。

明园 · 发表于 Post on 2020-12-9 16:48:15

对于上面两位大佬，我想说，我知道卢老师的脚本是能够做出来的，卢老师给了我脚本以后我就在改了，我确实基础不好，从头写写不出来，所以向老师要了一个脚本，老师也给了建议，让我这样改改就可以使用了，我发自内心感谢卢老师。我也不清楚为啥两位对我产生这么大的敌意。谢谢是没什么用，但我觉得对于帮助者来说还是很有必要的一句话。

ZHTao · 发表于 Post on 2022-3-24 11:01:43

求助怎么计算吖

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[GROMACS] 求助，计算界面上的表面活性剂在Z轴上的倾斜角度

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