计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4191|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 求助:用量子化学团簇模型酶催化机理相关问题

[复制链接 Copy URL]

102

帖子

0

威望

632

eV
积分
734

Level 4 (黑子)

蛋白设计爱好者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
量子化学簇方法,是研究酶活性位点的反应机制和其他性质的一种简单而强大的方法。活性位点的模型通常是根据酶的一些可用的晶体结构设计的。选择一些代表重要催化基团和其他定义活性位点的残基,而酶的其余部分被截断。

请问有没有研究者尝试使用以下两种情况做量子化学团簇酶催化机理计算?
1.无结构,使用Alphafold2建模的模型或者高度同源的建模的结构,再使用分子对接以及MD,去找到合适的复合物模型
2.仅仅有蛋白的Apo结构,通过分子对接和MD,找到合适的复合物模型

用以上两种情况下做量子化学计算,会不会被遭到审稿人的质疑?或者说在一些高质量期刊上,很难说服审稿人?


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-3-31 14:30:58 | 只看该作者 Only view this author
1的情况100%有已发表的文献并且能搜到。这种情况会不可避免地会受到怀疑,是否能让审稿人接受看具体怎么实现,决定了可信性高低
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

102

帖子

0

威望

632

eV
积分
734

Level 4 (黑子)

蛋白设计爱好者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-31 17:02:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-31 14:30
1的情况100%有已发表的文献并且能搜到。这种情况会不可避免地会受到怀疑,是否能让审稿人接受看具体怎么实 ...

谢谢sob老师,如果是以上1或者2的情况,是推荐使用B3LYP-D3(BJ)还是更加精确的M06-2X以得到更精确的结果,或者说模型本身就可能有瑕疵,用M06-2X也并不能挽回什么,只是徒增计算

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-4-1 00:51:52 | 只看该作者 Only view this author
sun877469558 发表于 2022-3-31 17:02
谢谢sob老师,如果是以上1或者2的情况,是推荐使用B3LYP-D3(BJ)还是更加精确的M06-2X以得到更精确的结果 ...

优化和振动分析用B3LYP-D3(BJ)
算高精度单点时用M06-2X通常更好点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-28 02:26 , Processed in 0.152155 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list