基于python的蛋白质动力学模拟代码推荐

meatball1982

大家好。  
      我现在需要一个完全基于python或C, C++的，蛋白质分子动力学模拟代码（能导入pdb， +水盒子，+离子，最小化，NVT, NPT)。

      01. 我在网上搜索了一下，因为python的计算效率不如C等，所以大部分是python的接口，调用其他的MD软件（我看到的是调用lammps)跑MD。或是已有软件跑MD, python 只是用于后续分析。
      我希望的是一段代码，或是github(已经找了，但不是作protein的，只是作一堆分子)。能够将MD的上述基本步骤进行说明。
      
      02. 另外，就上述问题，如果是一套完成基于C++(我理解，gromacs就是基于C++的，但代码太庞大，只是用于上述功能，有些过于复杂，我只想看MD比较核心的那些部分）。

      请问大家，有没有什么建议或是推荐的代码可以实现这些。


      非常感谢。

Serious

1）之前听报告提到MindSPONGE，不知道符不符合你的需要。（我没用过MindSpore的模型。。）
2）也许楼主可以把看过的列出来，以免推荐不符合的或重复的。。

mizu-bai

OpenMM, 请 http://docs.openmm.org/latest/us ... 2_running_sims.html

meatball1982

Serious 发表于 2024-12-26 10:35
1）之前听报告提到MindSPONGE，不知道符不符合你的需要。（我没用过MindSpore的模型。。）
2）也许楼主可 ...

非常感谢您的回复.
01.  我研究了一下 MindSPONGE,基本套路和其它的MD软件一致，有传统力场的，能作挺大的体系（例子给出了）
基于AI力场的精度高一些，原子数没那么大了。因为开源，能读到代码，但要理清的内容有点多。

02. 好建议，我整理一下。

meatball1982

mizu-bai 发表于 2024-12-26 11:02
OpenMM, 请 http://docs.openmm.org/latest/userguide/application/02_running_sims.html

非常感谢您的回复。
粗略一看，是我想要的内容，我需要再认真研讨下，再进一步回复您的意见。
再次感谢。