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[新手求助] 二茂铁的优化后的结构与实际偏离较大

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本帖最后由 果果123 于 2022-4-10 16:42 编辑

各位老师好,在优化中性二茂铁分子结构的时候,应该如何设置自旋多重度呢?
在之前的计算中,看到网上有说其满足18电子,故将自旋多重度设置为1,但是在结果文件中,所得到的结构与实际相差甚远,故想特地来请教一下。               
               输入文件: Fe.gjf (1.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)
               计算细节:#P B3LYP/gen em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=acetonitrile) gfinput pseudo=read
                                电荷 0 自旋多重度 1
输出文件:

               4个yes 并且是正常终止

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发表于 Post on 2022-4-9 16:25:24 | 只看该作者 Only view this author
《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚》
http://sobereva.com/620
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2022-4-9 16:46:50 | 只看该作者 Only view this author
自旋多重度不是影响结构的唯一原因。必须给出你的详细操作步骤,详细的理论级别信息,完整的输入输出文件,这些信息缺一不可,这样我们才能回答。
以后问问题之前先自己调查清楚,回答者需要了解你计算的哪些信息才能给出答案。如果不知道需要提供哪些信息,宁可多提供信息,也不能少提供。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-9 17:07:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-9 16:46
自旋多重度不是影响结构的唯一原因。必须给出你的详细操作步骤,详细的理论级别信息,完整的输入输出文件, ...

好的 老师 我这面已经补充了输入文件和输出文件的信息 因为输出文件log无法上传 暂且给出了 图片信息

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-9 17:10:42 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-4-9 16:25
《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚》
http://sobereva.com/620

好的 老师 我已经补充完了相关的信息

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发表于 Post on 2022-4-9 17:30:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 妙角不脆 于 2022-4-9 17:34 编辑

初猜结构有定性错误,氢应该跟碳环都在一个平面上。你调到一个平面上应该问题就不大了。

同样的情况还出现在环辛四烯上,如果上来氢摆的不对,优化出来会是错误的平面八边形。
另,在用Gaussian计算的时候应当使用点群工具正确的判断对称性,这样第一计算更快,第二更容易收敛。得到的正确的结果概率也大增。

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发表于 Post on 2022-4-9 17:41:00 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/635     

已经给出了值
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2022-4-9 19:14:17 | 只看该作者 Only view this author
对于常见的化合物,如果自己没有基本化学常识,先去Google看看实际结构长什么样
你1L贴的结构图完全离谱
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-9 20:20:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 果果123 于 2022-4-10 13:56 编辑
妙角不脆 发表于 2022-4-9 17:30
初猜结构有定性错误,氢应该跟碳环都在一个平面上。你调到一个平面上应该问题就不大了。

同样的情况还出 ...

好的 老师 我这面的gif文件已经做了调整 问题已解决 感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-9 20:22:37 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-4-9 17:41
http://sobereva.com/635     

已经给出了值

好滴  我看到啦  感谢感谢 😊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-10 13:58:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-9 19:14
对于常见的化合物,如果自己没有基本化学常识,先去Google看看实际结构长什么样
你1L贴的结构图完全离谱

好嘞 sob老师 我下次一定根据真实结构对初猜进行调整

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