求助Heat阶段出现内存访问错误的溯源方法

DSF · 发表于 Post on 2022-3-23 09:55:53

报错信息：an illegal memory access was encountered launching kernel kNLSkinTest
描述情况：构建好了体系完成了无限制的最小化，这些都没出错。然后heat加热的时候报错如上，我根据官网的建议减少dt到0.005ps，缓慢加热依然报错。跑sander报错vlimit exceed。跑pmemdcuda报错KNLSkinTest。由于刚开始学习MD，实属没有经验，不知道该如何解决该问题，该如何溯源出错的地方究竟在哪里，请求大家的帮助。

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-3-23 15:01:37

错误原因是有原子速度超过了上限。
一般是由于模拟过程中两个原子撞在一起，多见于和PO4和SO4等，如果这些基团上有H，H和O带电量都比较大，吸引很强，容易撞在一起。排查的方法是改小输出轨迹的步长并进行模拟，查看产生的轨迹，最后几帧应该可以看到体系崩溃，找到有问题的原子。

18217265596 · 发表于 Post on 2022-4-15 22:06:41

vlimit=10 限制一下速度试下？

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[Amber] 求助Heat阶段出现内存访问错误的溯源方法

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