求助，如何判定蛋白质与配体结合

qingqingdong

各位老师，我目前在做的MD为：从pdb库里下载了一个蛋白质-配体的复合物，将该复合物中的蛋白质与配体拉开一段距离重新做分子动力学模拟，看是否能结合以及结合后分析特异性结合的动力学曲线（不知该方案是否合理以及有意义，若有问题请各位指点）

目前跑了三次，每次50ns，其中一次是明显看出结合（位置几乎一致，是否跟原复合物结合位点一模一样我不知如何判断）；
另外两次没到达结合位点，只是能看到蛋白质有往配体移动。
我的老师给我的问题是，第一次模拟我认为结合了，那我是如何判断的，有什么依据吗；除了肉眼观察轨迹，从能量，还是其他的方面，有没有什么具体依据，数值达到多少就是结合了



我查阅一些文献后发现最多的还是计算结合自由能，但是并没有一个具体的标准说结合自由能值是多少就是结合了（不为零就是结合了吗），请各位老师指点迷津

sobereva

既然都和原复合物结合方式一样了，而且之后不自发跑出去，自然就是结合了，没什么可说的，本来就没有比这更直接的依据。计算结合自由能之类是进一步分析讨论的事，对于判断是否结合不是必须的。

rpestana94

How far is the ligand from the protein?

With spontaneous binding is more than enoght to prove the binding, in this case what I suggest is putting the ligand at diferent position from the protein and run long simulation to see if the ligand always go to the same place.
Other strategy can be use steered molecular dynamics
Be aware that MMPBSA for binding free energy is system dependent and need something to compare with, if you don't have something to compare check   BFEE (https://github.com/fhh2626/BFEE2)

qingqingdong

sobereva 发表于 2023-5-10 16:51
既然都和原复合物结合方式一样了，而且之后不自发跑出去，自然就是结合了，没什么可说的，本来就没有比这更 ...

感谢老师回复，关于复合物结构以及我第一次模拟的结果我已贴图，单看二级结构的位置是几乎一致的，但是若是说每一个残基的位置不能说都是一致，这样可以说是在同样的结合位点吗
另，因为我做了三次只有一次是看着结合了，我是否需要多做几次保证准确度来说明两种蛋白质就是可以结合的；以及翻转蛋白质看不同的位置方向是否还能结合

qingqingdong

rpestana94 发表于 2023-5-11 00:44
How far is the ligand from the protein?

With spontaneous binding is more than enoght to prove the ...

Thanks for your reply.
The distance between the  ligand and the protein is about 1nm.
Next I will put the protein in different positions and see if the two combine, thanks for the suggestion

sobereva

qingqingdong 发表于 2023-5-11 14:28
感谢老师回复，关于复合物结构以及我第一次模拟的结果我已贴图，单看二级结构的位置是几乎一致的，但是若 ...

可以把原结构和模拟后的结构在VMD里做个叠合，能对比得明显更清楚，看下文
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）

另外，可以计算一下整个体系中的两个蛋白的总的SASA是怎么变化的，结合后SASA理应有显著减小，比起那些MD后没结合的SASA小得多

qingqingdong

sobereva 发表于 2023-5-12 01:16
可以把原结构和模拟后的结构在VMD里做个叠合，能对比得明显更清楚，看下文
在VMD中计算RMSD衡量两个结构 ...

好的，多谢sob老师指点