ASE生成的轨迹VMD能读取吗

cuihongqiang

ASE生成的轨迹VMD能读取吗

卡开发发

对于大部分共同支持的格式都是没问题的。

sobereva

诸如xyz这种常见的轨迹格式显然VMD能读取

ghifi37

ASE直接生成traj文件，可以转换为xyz

cuihongqiang

ghifi37 发表于 2022-4-28 08:39
ASE直接生成traj文件，可以转换为xyz

想问下怎么转化，官网找到write_xyz，但没成功写出

ghifi37

cuihongqiang 发表于 2022-4-28 10:52
想问下怎么转化，官网找到write_xyz，但没成功写出

遍历traj中的结构，都写到同一个xyz文件中即可

cuihongqiang

ghifi37 发表于 2022-4-28 11:38
遍历traj中的结构，都写到同一个xyz文件中即可

输入文件
import ase
import ase.io
import ase.optimize
import ase.md.velocitydistribution
import ase.md.verlet
import os
from neurochem_calculator import NeuroChem, path, calc
from ase.io.trajectory import Trajectory
from ase.io.trajectory import TrajectoryReader
from ase.io import trajectory
from ase.io import xyz
import pickle
a=TrajectoryReader('benzene.traj')
write('./benzene.xyz',a)
输出错误
Traceback (most recent call last):
  File "traj.py", line 13, in <module>
    a=TrajectoryReader('benzene.traj')
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/trajectory.py", line 225, in __init__
    self._open(filename)
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/trajectory.py", line 235, in _open
    self.backend = ulm.open(filename, 'r')
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/ulm.py", line 156, in open
    return Reader(filename, index or 0)
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/ulm.py", line 484, in __init__
    self._offsets) = read_header(fd)
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/ulm.py", line 458, in read_header
    raise InvalidULMFileError('This is not an ULM formatted file.')
ase.io.ulm.InvalidULMFileError: This is not an ULM formatted file.
请问这个是什么问题

ghifi37

cuihongqiang 发表于 2022-4-28 13:55
输入文件
import ase
import ase.io

试试：
from ase.io.trajectory import Trajectory
traj = Trajectory(trajfile, mode = 'r')
for i in traj:
    i.write(filename, append=True)            

cuihongqiang

ghifi37 发表于 2022-4-28 21:35
试试：
from ase.io.trajectory import Trajectory
traj = Trajectory(trajfile, mode = 'r')

谢谢，好久没上线了，问题之前已经解决了，莫名其妙的解决了，我都不记得加的啥设置了