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[GROMACS] 求助:黏土矿物在真空下的模拟

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本帖最后由 chenchen1 于 2023-6-30 10:27 编辑

各位老师好,拟打算进行真空下高岭石的模拟,来验证参数的设置是否正确,本文使用sobtop生成高岭石的输入文件kaolinite_box.gro、kaolinite.itp,kaolinite.top
使用em.mdp如下显示

模拟前的高岭石,模拟后
请问这是因为什么原因呢



202306301024209157..png (94.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

202306301024209157..png

kaolinite_box.gro

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em.mdp

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kaolinite.itp

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kaolinite.top

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发表于 Post on 2023-6-30 10:42:06 | 只看该作者 Only view this author
你itp文件里所有原子都没设电荷啊
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-30 10:46:13 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2023-6-30 10:42
你itp文件里所有原子都没设电荷啊

谢谢提醒,我没有注意到,请问如果添加的话,写在atomtype字段就可以吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-30 11:12:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chenchen1 于 2023-6-30 11:21 编辑
Lacrimosa 发表于 2023-6-30 10:42
你itp文件里所有原子都没设电荷啊

老师您好,这是带电荷的itp,进行模拟之后,变成了这个样子,且能量最小化时,能量不能降到100下

202306301112406223..png (144.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

202306301112406223..png

kaolinite.itp

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发表于 Post on 2023-6-30 12:21:20 | 只看该作者 Only view this author
有些ohs和ho的电荷是0,很奇怪,最好仔细检查一下电荷分配。另外高岭石是层状结构,模拟真空条件的时候z方向留出真空区就行了,xy方向没必要
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发表于 Post on 2023-7-1 07:10:30 | 只看该作者 Only view this author
chenchen1 发表于 2023-6-30 10:46
谢谢提醒,我没有注意到,请问如果添加的话,写在atomtype字段就可以吗

原子电荷通常在[atoms]里体现



对于此类体系,各种类型的原子电荷应当写在sobtop的AT_assign.dat里,看sobtop主页上SiO2的例子


用line方式显示的时候不要用白背景,否则氢都看不见
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-1 17:15:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-1 07:10
原子电荷通常在[atoms]里体现

谢谢sob老师提供了sobtop这一方便的工具,但我在使用中还有几点疑惑,向老师请教
1、写好了AT_assign_dat文件,却未能识别出部分原子类型,这是由于文件类型定义冲突吗,还是由于这个原子是其它类型,因为没有clayff力场规范的命名原则。
2、AT_assign_dat未识别出的原子,然后利用-2功能(在文件中读取原子类型)导出的文件中没有这一原子的电荷信息。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-1 17:42:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chenchen1 于 2023-7-1 17:43 编辑
Lacrimosa 发表于 2023-6-30 12:21
有些ohs和ho的电荷是0,很奇怪,最好仔细检查一下电荷分配。另外高岭石是层状结构,模拟真空条件的时候z方 ...

谢谢老师,刚刚接触这个领域不久,还有个问题向老师请教,在添加电荷后进行平衡,平衡力始终过大,跑出的结构整体基本能维持结构,请问这种属于正常现象吗,该怎样进行调整。

202307011732235406..png (31.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202307011732235406..png

202307011732052909..png (138.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

202307011732052909..png

(1`O2){IVLCR{%%ZC17(@%2.jpg (379.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

(1`O2){IVLCR{%%ZC17(@%2.jpg

kaolinite.itp

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em.gro

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em.trr

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发表于 Post on 2023-7-2 11:42:48 | 只看该作者 Only view this author
chenchen1 发表于 2023-7-1 17:15
谢谢sob老师提供了sobtop这一方便的工具,但我在使用中还有几点疑惑,向老师请教
1、写好了AT_assign_da ...

说明AT_assign.dat没定义对,导致有的原子没符合任何自己定义的判据
本来原子电荷就是根据AT_assign.dat指认原子类型的时候同时赋予的,自己单独定义原子类型怎么可能自动产生原子电荷

mdp一起上传
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 17:01:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-2 11:42
说明AT_assign.dat没定义对,导致有的原子没符合任何自己定义的判据
本来原子电荷就是根据AT_assign.dat ...

老师,em.mdp

em.mdp

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发表于 Post on 2023-7-4 02:52:29 | 只看该作者 Only view this author

mdp没明显问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-5 16:56:40 | 只看该作者 Only view this author

老师,那这样的话,能量最小化力不能收敛,是不是由于初始结构不合理导致的

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发表于 Post on 2023-7-6 09:24:51 | 只看该作者 Only view this author
chenchen1 发表于 2023-7-5 16:56
老师,那这样的话,能量最小化力不能收敛,是不是由于初始结构不合理导致的

不一定
可能性多的是
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
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发表于 Post on 2023-7-6 09:30:56 | 只看该作者 Only view this author
试试AuToFF里面的无机晶体模块吧(https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... /inorganic-crystals),支持ClayFF力场,另外Gromacs跑一些粘土或者框架结构,初始的时候因为H原子的位置不合适,很容易跑崩了,mdp里面constraints建议加上hbond

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-7 11:57:27 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-7-6 09:30
试试AuToFF里面的无机晶体模块吧(https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

您好,我打算使用clayff描述矿物部分,用amber描述有机组分,请问autoff可以构建clayff的力场吗

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