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[Gaussian/gview] 求助GaussView构建分子时化学键出现变化

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请问各位老师,我用Gaussview构建中间体及过渡态时,有些要断键的化学键拉长后设置为虚线化学键,为啥再打开这个键就没有了呢,还有些三键再打开就变双键了。

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-5-9 20:08:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-5-9 20:13 编辑

没关系,只要坐标不变就行。不影响结果。Gaussian有自己的判断成键标准,可能与实际情况不一致。要想在gjf文件中保存键设置,加geom=connectivity
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 20:50:20 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-9 20:08
没关系,只要坐标不变就行。不影响结果。Gaussian有自己的判断成键标准,可能与实际情况不一致。要想在gjf ...

好的,谢谢您,我计算苯环被氧化脱除CO的时候,有一步过渡态是CO中的碳用虚线和苯环开环的碳连一起,虚线键没有后CO就直接飞走了

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发表于 Post on 2022-5-9 20:55:56 | 只看该作者 Only view this author
仔细看此文了解成键的判断规则
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2022-5-9 20:57:24 | 只看该作者 Only view this author
落微 发表于 2022-5-9 13:50
好的,谢谢您,我计算苯环被氧化脱除CO的时候,有一步过渡态是CO中的碳用虚线和苯环开环的碳连一起,虚线 ...

这种情况下,其实飞走才是原因,键消失是飞走的结果。因为高斯做DFT计算是不会用到成键信息的,成键信息是GaussView在高斯计算完成以后根据原子距离判断的。所以即使你把键连起来,也不可能阻止CO飞走。
参见http://sobereva.com/414
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 21:10:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-9 20:55
仔细看此文了解成键的判断规则
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http://bbs.kein ...

好的,谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 21:10:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-9 20:57
这种情况下,其实飞走才是原因,键消失是飞走的结果。因为高斯做DFT计算是不会用到成键信息的,成键信息 ...

好的,谢谢您

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