Reaxff模拟速度讨论

naoki · 发表于 Post on 2020-9-27 15:07:41

本帖最后由 naoki 于 2020-9-27 15:34 编辑

我编译了单精度fftw库的18Sep20版本LAMMPS，用Reaxff跑10万原子体系。我的机器是40核128G内存，RTX2080一块（Reaxff用GPU需要Kokkos包，我编译此包一直失败，遂用纯CPU跑）。时间步长0.25 fs，40 MPI*1 Openmp，平均每小时才跑3700步左右。跑Reaxff的HNS例子，才0.193 ns/day（例子中4核的benchmark是0.04 ns/day，也够慢的）。Reaxff跑每一步都要用Qeq方法计算电荷，比一般分子力场慢不少，但也不至于如此慢吧。。。想请Reaxff的坛友分享一下体系的原子数和速度，想参考一下，谢谢啦。
另外GPU版LAMMPS在pcff力场下跑17000原子，速度是8.1 ns/day，感觉也很慢，特向大家请教一下，有没有什么方法能够合理使用硬件提升速度，比如MPI和OMP设置多少比较合适之类，感谢！

fineren · 发表于 Post on 2020-9-27 16:29:20

我两颗8173M+192G内存，10370个原子的反应动力学，0.1fs每步。最后是0.072ns/day，333.705hours/ns，8.324 timestep/s，也够慢的

naoki · 发表于 Post on 2020-9-27 16:39:55

fineren 发表于 2020-9-27 16:29
我两颗8173M+192G内存，10370个原子的反应动力学，0.1fs每步。最后是0.072ns/day，333.705hours/ns，8.324 ...

看来reaxff确实比较慢。。。想请教下您有使用Kokkos加速包吗，最后跑了多长的反应动力学呢

fineren · 发表于 Post on 2020-9-27 20:32:51

没有，我只有CPU，共跑200ps

naoki · 发表于 Post on 2020-9-28 09:15:23

fineren 发表于 2020-9-27 20:32
没有，我只有CPU，共跑200ps

好的，谢谢啦！

zxs1127 · 发表于 Post on 2020-10-9 15:53:27

想问一下楼主后期数据处理是怎么做到的，编程么?

naoki · 发表于 Post on 2020-10-9 15:59:46

zxs1127 发表于 2020-10-9 15:53
想问一下楼主后期数据处理是怎么做到的，编程么?

还没处理呢，先跑出来看看。社长推过一个网站我记得可以看跑完的组分和轨迹

zxs1127 · 发表于 Post on 2020-10-15 09:00:15

本帖最后由 zxs1127 于 2022-7-19 09:09 编辑

naoki 发表于 2020-10-9 15:59
还没处理呢，先

funok · 发表于 Post on 2022-5-10 13:35:41

zxs1127 发表于 2020-10-15 09:00
ChemTraYzer,是这个么，但是没找到help手册，自己还不会用呀。。。

You should read the wiki carefully when you download this software though sourceforge.net !

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