已解决：使用CO2 EPM2模型LINCS WARNING导致模拟崩溃

五月雨

请问各位老师，我在NPT下模拟纯CO2体系计算平衡密度，使用的是EPM2模型，模拟刚开始就出现too many Lincs warning的错误，尝试把步长设置到1fs，constraints设置为none，仍然会崩溃。
LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000769, max 0.018196 (between atoms 865 and 867)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
    865    866   30.8    0.1165   0.1168      0.1149

我尝试在相同条件下使用别的CO2模型数据 ，使用相同的CO2结构，相同的体系，相同的top、mdp文件，仅仅是CO2 itp文件不同，步长即使是2fs，模拟也一直很平稳。

我使用的EPM2模型的itp文件是sob老师在过往帖子里提供的：
[ atomtypes ]
; name      at.num    mass     charge  ptype     sigma    epsilon
C_EPM2         6     12.01     0.0000    A       0.2757   0.23388
O_EPM2         8     16.00     0.0000    A       0.3033   0.66937

[ moleculetype ]
; molname        nrexcl
CO2                3

[ atoms ]
; id  at type     res nr  res name  at name    cg nr     charge    mass
   1  C_EPM2         1      CO2           C          1       0.6512  12.01000
   2  O_EPM2         1      CO2              O1         1      -0.3256  16.00000
   3  O_EPM2         1      CO2              O2         1      -0.3256  16.00000

[ constraints ]
1 2   1   0.1149
1 3   1   0.1149

[ angles ]
; i     j       k       funct   angle   force.c.
  2     1       3         1      180      1236


是不是我mdp文件某些设置不合理导致的？
npt.mdp：
integrator  = md      
nsteps      = 50000000     
dt          = 0.002   
;
nstxout     = 500
nstvout     = 500
nstenergy   = 500
nstlog      = 500
energygrps  = system
;
continuation    = no
constraint_algorithm = lincs
constraints     = h-bonds
lincs_iter      = 1
lincs_order     = 4
;
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid
nstlist         = 10
rcoulomb        = 1.4
rvdw            = 1.4
;
coulombtype     = PME
pme_order       = 4
fourierspacing  = 0.16
;
tcoupl      = V-rescale
tc-grps     = system
tau_t       = 0.2
ref_t       = 333.15
;
pcoupl      = Berendsen
pcoupltype  = isotropic
tau_p       = 0.5
ref_p       = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
pbc         = xyz
;
DispCorr    = EnerPres
;
gen_vel     = no
gen_temp    = 333.15
gen_seed    = -1


所以想请问各位老师，为什么使用别的模型没事，使用EPM2模型就出问题？这个问题该怎么解决？
之前的几个体系模拟已经表明体系结构和拓扑文件没有问题，因此我尝试在低温情况下（100K）跑，模拟进行的很平稳（测试200K时也会崩溃）。
在mdp文件中加入了：
annealing              = single
annealing-npoints = 2
annealing-time      = 0 1000
annealing-temp     =0  333

之后多次测试模拟进行的都很顺利。

牧生

我模拟CO2水合物都用的这个参数，没有问题。
因为气体占主要，所以你把DispCorr  设为 no试试呢？

五月雨

牧生 发表于 2022-5-14 11:53
我模拟CO2水合物都用的这个参数，没有问题。
因为气体占主要，所以你把DispCorr  设为 none试试呢？

好的，我试试

五月雨

牧生 发表于 2022-5-14 11:53
我模拟CO2水合物都用的这个参数，没有问题。
因为气体占主要，所以你把DispCorr  设为 none试试呢？

还是不行，一样的满屏的LINCS WARNING

牧生

我跑了一个纯CO2气体的盒子，在em这一步出现了很多LINCS WARNING，但em结束以后，再进行1bar下的NPT，跑起来是没有问题的。

五月雨

牧生 发表于 2022-5-14 16:07
我跑了一个纯CO2气体的盒子，在em这一步出现了很多LINCS WARNING，但em结束以后，再进行1bar下的NPT，跑起 ...

我在em的时候是没有出现过这种情况的，NPT时一直出现LINCS WARNING，但是有时并不直接崩溃，可以跑下来

高处裹棉被

尝试从0K慢慢升温333K，可能是升温过快导致的崩溃

五月雨

高处裹棉被 发表于 2022-5-15 14:41
尝试从0K慢慢升温333K，可能是升温过快导致的崩溃

好的，谢谢

高处裹棉被

五月雨 发表于 2022-5-17 00:51
我比较小白，请问大佬有没有你说的慢慢升温的mdo文件，十分感谢

用mdp文件里的annealing退火设置，详情可以看手册