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[Molclus] Genmer.ini文件里ngen/ngenmust设置后产生奇怪结果

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本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-6 10:38 编辑

Lu老师和各位小伙伴们:
       您们好!
       在按照Sober老师这一帖子《genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具》中的方法(见下边截图1.png)进行构象搜索时,我心里不知道A和B最后能组合成多少种构型,所以我没有管ngen这一项,而是把ngenmust这一项设置为大于0的一个值,我就随便设置了一个1(1>0嘛!),按照帖子中的意思只要ngenmust的值大于0那么genmer就会一直无限循环找下去,直到跑到头为止。但是当我得到traj.xyz文件时里边只有一个构象。我就自己琢磨问题在哪,然后我又把ngenmust的值从1改为2,最后得到的traj.xyz文件里出现了两种构象。此时我就想不明白了,这样的话ngenmust和ngen的功能不就重复了吗?所以ngenmust的存在意义在哪里呢?
      

1.png (31.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

ngen/ngenmust设置说明

ngen/ngenmust设置说明
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发表于 Post on 2022-6-5 06:57:53 | 只看该作者 Only view this author
神奇的阅读理解,后一句都不看么?
ngenmust= 0   // 若>0,则ngen选项无效,genmer将无限循环不断产生构型,直到成功产生的构型达到ngenmust。此选项默认为0,代表不做这个要求

你把ngenmust设1,显然说明成功产生1个构型就自动结束了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-5 09:33:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-5 06:57
神奇的阅读理解,后一句都不看么?

你把ngenmust设1,显然说明成功产生1个构型就自动结束了

那么这个自己怎么知道它们总共有多少种组合方式呢?本来有很多种组合方式我为了偷懒设置的少了不就不准确了吗?您建议我ngen和ngenmust一般设置多少呢?
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发表于 Post on 2022-6-5 10:08:44 | 只看该作者 Only view this author
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
文末专门说了
有一些用户问让genmer产生多少初猜团簇比较合适,这取决于体系大小、特征、研究目的、可接受的计算花费。如果你想得到能量最低的团簇结构,那么显然产生的初猜结构数目越多,最终能获得能量最低结构的几率就越大。对于结构比较简单的小分子构成的二聚体团簇,想获得能量最低的构型,一般产生20个初猜结构就够了。但是如果是复杂、较大的柔性分子构成的二聚体团簇,或者简单小分子构成的比如六聚体团簇,那要产生的初始构型就得很多,起码一百个。对于原子团簇,也是原子数越多,要产生的初猜数就应该越多。受限于用户的实际计算条件,考虑的初猜结构数目得量力决定。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-5 10:22:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-5 10:08
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1- ...

哦哦,不好意思啊老师,看到啦。我专门摘抄出来放在这里:”对于结构比较简单的小分子构成的二聚体团簇,想获得能量最低的构型,一般产生20个初猜结构就够了。但是如果是复杂、较大的柔性分子构成的二聚体团簇,或者简单小分子构成的比如六聚体团簇,那要产生的初始构型就得很多,起码一百个。”.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-5 11:50:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-5 10:08
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1- ...

Sober老师,光说“较大的柔性分子”有些抽象不好把控,我觉得举一个例子来问您这样可以没那么抽象可以更加形象具体,想问下老师:6个单元的聚偏二氟乙烯分子链属于较大的柔性分子概念区间吗?
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发表于 Post on 2022-6-5 11:52:00 | 只看该作者 Only view this author
ReviewReview 发表于 2022-6-5 11:50
Sober老师,光说“较大的柔性分子”有些抽象不好把控,我觉得举一个例子来问您这样可以没那么抽象可以更 ...

属于,有很多可旋转的键
可旋转的键越多,构象空间越复杂,需要越多初猜来采样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-5 14:30:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-5 11:52
属于,有很多可旋转的键
可旋转的键越多,构象空间越复杂,需要越多初猜来采样

记住啦老师。根据您的这句话“但是如果是复杂、较大的柔性分子构成的二聚体团簇,或者简单小分子构成的比如六聚体团簇,那要产生的初始构型就得很多,起码一百个。”,那我就取150个吧。
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