Xyz文件中元素坐标头顶的那两个分别表示电荷和自旋多重度的数字为什么要删除？

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-9 20:14:19

本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-9 20:25 编辑

Lu老师和各位小伙伴们，你们好：
Xyz文件中元素坐标头顶的那两个分别表示电荷和自旋多重度的数字为什么要删除？我打开了Sober老师Genmer文件夹下的examples文件夹里的5个xyz文件，发现这5个xyz文件里均把表示电荷和自旋多重度的数字删除了，此时我产生了一个疑惑，万一我的表示钙离子（Ca2+）坐标的Ca2+.xyz文件里也把表示电荷和自旋多重度的数字删除了，那么这个Ca2+.xyz文件不就变成表示钙元素（Ca）的坐标文件了吗？这对接下来Genmer产生PVDF和Ca2+二聚体造成很大的失真干扰吧？

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-9 20:35:08

对不起各位老师和小伙伴们，我问问题时没经过大脑，刚才一下反应过来了，xyz文件只管坐标，然后genmer使用枚举法摆出所有可能，最后用template.gjf/template2.gjf文件来补填电荷和自旋多重度信息，是这样吧？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-9 20:40:36

ReviewReview 发表于 2022-6-9 13:35
对不起各位老师和小伙伴们，我问问题时没经过大脑，刚才一下反应过来了，xyz文件只管坐标，然后genmer使用 ...

对，电荷和自旋多重度是要在gjf文件里输入的。
xyz格式不仅在量化计算里会用到，在分子力学计算以及实验上也会用到，而后者情况下经常是不知道自旋多重度的，所以为了文件格式统一起见，即便是用于量化计算的xyz文件，也不包含电荷和自旋多重度信息。不管是调用高斯也好，调用其他量化软件也好，电荷和自旋多重度都是写在其他地方的

snljty2 · 发表于 Post on 2022-6-9 20:40:58

标准xyz格式是有规定的。看卢老师博文《谈谈记录化学体系结构的xyz文件》。你最近发了好多molclus相关的问题，建议合并为一个贴，但是更建议之前就认真多读几次卢老师介绍molclus的博文，再把里面的例子都照着做一遍，你的问题里面基本都有解答。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-9 20:45:38

本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-9 20:47 编辑

snljty2 发表于 2022-6-9 20:40
标准xyz格式是有规定的。看卢老师博文《谈谈记录化学体系结构的xyz文件》。你最近发了好多molclus相关的问 ...

嗯嗯谢谢老师，您推荐阅读的那一个帖子我也有认真阅读，记住啦老师～

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-9 20:47:13

wzkchem5 发表于 2022-6-9 20:40
对，电荷和自旋多重度是要在gjf文件里输入的。
xyz格式不仅在量化计算里会用到，在分子力学计算以及实验 ...

嗯嗯，这下彻底理解啦老师，学生真的很谢谢您的耐心指导~

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[Molclus] Xyz文件中元素坐标头顶的那两个分别表示电荷和自旋多重度的数字为什么要删除？