计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12986|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:聚偏氟乙烯(PVDF)晶格文件确认

[复制链接 Copy URL]

67

帖子

0

威望

192

eV
积分
259

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师,您好,1、我想确认自己找到的1,1二氟乙烯的cif文件是不是聚偏氟乙烯的晶格文件?图片附件2、我还想问一下,用这个晶格文件扩胞为一个长方体的形状,我发现模型里面看起来都是1,1二氟乙烯的小分子,并不是文章中提到的一条一条的长链整齐放在一起,我将文章中的模型图片附图片,请老师看一下,文章中模型应该用晶格文件如何构建。
麻烦老师了,在此衷心感谢老师的热情帮助。

微信图片_20210730222711.png (70.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

无任何包装

无任何包装

微信图片_20210730222717.png (77.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

单元格

单元格

微信图片_20210730222722.png (224.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

3*3*3

3*3*3

微信图片_20210730223546.png (86.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

文章模型图片

文章模型图片

微信图片_20210730223552.png (22.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

文章中的建模说明

文章中的建模说明

313

帖子

2

威望

3903

eV
积分
4256

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-7-31 10:52:39 | 只看该作者 Only view this author
你是不是文章方法部分看错了,既然是聚偏氟乙烯那就是聚合物,聚合物是重复单元而不是重复单个的分子。你要做的就是构建多条直链聚偏氟乙烯链,然后跑md平衡,最后截取一个圆柱形不就完事了。这是我个人的理解,还有发文章不要用机器翻译的,别人又不是看不懂英文。

67

帖子

0

威望

192

eV
积分
259

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-31 11:04:13 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2021-7-31 10:52
你是不是文章方法部分看错了,既然是聚偏氟乙烯那就是聚合物,聚合物是重复单元而不是重复单个的分子。你要 ...

您好,谢谢您的回复,这种一条直链聚偏氟乙烯链我会构建,但是多条直链聚偏氟乙烯链整齐排列的这种模型不知道怎么构建,可以说一下吗?有老师给我说用晶格文件在ms里面扩胞,上面是我找到的晶格文件,我扩胞之后并不是直链聚偏氟乙烯,请大神指点一下。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-8-1 06:06:52 | 只看该作者 Only view this author
你发的是单个偏氟乙烯分子的晶体,显然不是聚合物的。聚合物都是无定型或者半晶化的结构,没有理想的周期性,是不可能有有cif文件的。
只能自己先产生单链结构,然后诸如自己写程序之类产生柱状初始结构

提问时绝对不要提供机器翻译的文字,这种翻译来的文字比英文原文难理解得多得多得多,甚至根本看不明白

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
uululu + 1

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

67

帖子

0

威望

192

eV
积分
259

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-1 15:00:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-1 06:06
你发的是单个偏氟乙烯分子的晶体,显然不是聚合物的。聚合物都是无定型或者半晶化的结构,没有理想的周期性 ...

好嘞,明白,谢谢老师

3

帖子

0

威望

37

eV
积分
40

Level 2 能力者

6#
发表于 Post on 2021-8-1 20:44:27 | 只看该作者 Only view this author
楼主,你这是哪篇文献,学习一下

67

帖子

0

威望

192

eV
积分
259

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-1 22:27:06 | 只看该作者 Only view this author
dellon9960 发表于 2021-8-1 20:44
楼主,你这是哪篇文献,学习一下

附上DOI号
DOI:10.1016/j.polymer.2014.1 1.024

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
uululu + 1

查看全部评分 View all ratings

513

帖子

0

威望

4392

eV
积分
4905

Level 6 (一方通行)

truffle

8#
发表于 Post on 2021-8-2 09:07:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 naoki 于 2021-8-2 09:26 编辑
sobereva 发表于 2021-8-1 06:06
你发的是单个偏氟乙烯分子的晶体,显然不是聚合物的。聚合物都是无定型或者半晶化的结构,没有理想的周期性 ...

结晶性聚合物有晶区和非晶区。很多聚合物如PE、PP、PVDF都有较高结晶度,研究晶区的时候就可以构建聚合物晶体模型,已有一些论文探讨了聚合物晶体熔点等性质的分子动力学模拟。一些简单的聚合物晶体结构在上世纪就已解析清楚,在CCDC、COD等数据库可以找到相应cif文件。
例如附件是CCDC下载的聚氟乙烯和聚偏氟乙烯晶体cif文件。
1293984.cif (2.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 146) 1207415.cif (2.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 192)

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
uululu + 1

查看全部评分 View all ratings

No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

513

帖子

0

威望

4392

eV
积分
4905

Level 6 (一方通行)

truffle

9#
发表于 Post on 2021-8-2 09:31:36 | 只看该作者 Only view this author
其实你可以在原帖回帖,而不用新开个贴讨论相同内容。PVDF晶体cif文件在上一楼我回复Sob老师那里。还有你找的结构有点化学常识就知道是偏氟乙烯单体,跟本就不用发帖问。祝好运。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
uululu + 1

查看全部评分 View all ratings

No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

3

帖子

0

威望

37

eV
积分
40

Level 2 能力者

10#
发表于 Post on 2021-8-11 17:52:54 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢老师的回复,多谢了

1

帖子

0

威望

17

eV
积分
18

Level 1 能力者

11#
发表于 Post on 2022-6-12 17:01:49 | 只看该作者 Only view this author
楼主,我想构建长链的晶胞,一直没头绪。这个单体的cif不就没啥用么?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 07:12 , Processed in 0.239012 second(s), 35 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list