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[Material Studio] MS8.0几何优化原子跑出去求助

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各位大神,小弟初学MS 8.0,遇到点问题。
我在用MS8.0按教程研究高分子聚合物在化合物表面的吸附模拟。为什么用同样的几何优化方法,氧化铝原子没跑出去而氮化硅原子跑出去了?跑出去的原子是没有添加约束,全部添加约束后不能进行几何优化。
另外,网上下载了packmol,网上安装教程看不懂,有通俗易懂的安装及使用教程吗?

微信图片_20190321195926.jpg (466.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 82)

氮化硅几何优化后构型

氮化硅几何优化后构型

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发表于 Post on 2019-3-21 20:19:30 | 只看该作者 Only view this author
你怎么没加真空层呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-21 21:04:18 | 只看该作者 Only view this author
yiranfengbai 发表于 2019-3-21 20:19
你怎么没加真空层呢?

这个是几何优化完,再用supercell,再加真空层,教程就是这么个顺序

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发表于 Post on 2019-3-22 03:25:28 | 只看该作者 Only view this author
优化化合物表面+吸附分子:1. 优化底层分子,需要先优化晶胞,晶胞优化好后可以切表面,然后加大Supercell,然后再建真空层,然后再优化+计算底层分子;
2. 吸附分子,需要先在真空中优化构型;3. 优化好的吸附分子再摆到适当的优化好的底层结构上,再继续优化吸附构型。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-22 08:05:05 | 只看该作者 Only view this author
SherryLiu 发表于 2019-3-22 03:25
优化化合物表面+吸附分子:1. 优化底层分子,需要先优化晶胞,晶胞优化好后可以切表面,然后加大Supercell ...

谢谢你,我试试看。

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发表于 Post on 2019-3-22 12:11:38 | 只看该作者 Only view this author
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的标题“MS8.0几何优化”改了,以后请务必注意
不同问题别合在同一个帖子里问,否则信息的秩序会被搞乱
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-3-22 12:13:22 | 只看该作者 Only view this author
packmol安装:
将packmol-17.333.tar.gz解压,进入解压的目录,输入make即可编译。
然后修改~/.bashrc,在末尾加上比如export PATH=$PATH:/sob/packmol-17.333。保存后重新进入终端,输入packmol检查是否能正常启动,即冒出一堆信息来,能冒出来就对了。


运行方法:packmol < packmol.inp

一个例子




官网上有更多的例子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-22 13:50:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-22 12:11
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348 ...

第一次发帖,以后会注意的,谢谢sob老师的解答。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-22 14:00:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-22 12:13
packmol安装:
将packmol-17.333.tar.gz解压,进入解压的目录,输入make即可编译。
然后修改~/.bashrc, ...

老师,真不明白,解压后,在哪输入make啊,,,

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发表于 Post on 2019-3-22 16:06:42 | 只看该作者 Only view this author
星空DMU 发表于 2019-3-22 14:00
老师,真不明白,解压后,在哪输入make啊,,,

进入解压目录,打开终端(右击空白处-Open in Terminal),输入make。
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-22 21:05:06 | 只看该作者 Only view this author
解压完是这样的,右击空白处???没有打开终端啊,我有点蒙,各位大神。

捕获.PNG (141.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

解压截图

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发表于 Post on 2019-3-23 01:32:17 | 只看该作者 Only view this author
原来你是在Win下用Packmol啊,刚才Sob老师说的是在Linux下编译安装的操作。可以去官网看看在Win下怎么编译,也可以在网上找找看编译好的可执行文件,我记得是有的。
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发表于 Post on 2019-3-23 04:51:08 | 只看该作者 Only view this author
专门写了个文章,一站式弄懂packmol

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
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发表于 Post on 2019-12-15 17:38:24 | 只看该作者 Only view this author
你好,请问一下您照着help里的粒子跑氮化碳,原子跑出去的原因找到了么?是什么原因造成的,麻烦您给说说。

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发表于 Post on 2019-12-19 00:09:15 | 只看该作者 Only view this author
SherryLiu 发表于 2019-3-22 03:25
优化化合物表面+吸附分子:1. 优化底层分子,需要先优化晶胞,晶胞优化好后可以切表面,然后加大Supercell ...

你好,晶胞怎么能优化呢?每次都是失败的?您能给指导一下吗?还有就是你说的这些步骤和help里的完全不一样呀。

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