在做opt计算后，分子构型不合理的问题

于康海 · 发表于 Post on 2022-6-17 17:28:45

在用orca计算一个带一个正电咪唑类的阳离子时，计算结果后，环上的键感觉不太合理
输入文件和搭建的模型：

这是用OfakeG程序处理后，用Gaussview打开：

感觉输入的时候只有一个N带正电，输出文件两个N都带了
想问一下大家是什么问题

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-17 17:37:14

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-17 17:38 编辑

“输入的时候只有一个N带正电”、“输出文件两个N都带了”这些都是不严谨的人为想象（极端情况），不要被传统有机化学里定域的电荷给迷惑了。量子化学计算中如果整体带+1电荷，正电荷分布在多个原子上是很正常的事，不可能像画键线式或路易斯结构式那样正电荷只在1个原子上，你做个布居分析就知道了。

如果你对GaussView显示的连接关系有疑惑，看《谈谈原子间是否成键的判断问题》http://sobereva.com/414

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-17 17:49:04

你优化完得到的分子构型完全合理，标题描述不当

于康海 · 发表于 Post on 2022-6-17 18:13:47

zjxitcc 发表于 2022-6-17 17:37
“输入的时候只有一个N带正电”、“输出文件两个N都带了”这些都是不严谨的人为想象（极端情况），不要被传 ...

谢谢

于康海 · 发表于 Post on 2022-6-17 18:14:07

sobereva 发表于 2022-6-17 17:49
你优化完得到的分子构型完全合理，标题描述不当

谢谢sob老师

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