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[Molpro] 在平衡构型附近,指定CH4为Cs对称性报错

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针对CH4体系,将某一个C-H键设置为1.1ang,其它键长键角保持甲烷的优化构型,希望将其视作Cs对称性进行计算,但是Molpro报错。经尝试,该键长设置为0.8、0.9、1.0、1.2、2.0、3.0 ang,均不会报错,好像只在平衡构型附近才会出错,请问这个问题要如何解决?



Molpro输入文件为:
-------------------------------------------------
***,CH4

symmetry,z
geometry={
angstrom
C
H1                  C            B1
H2                  C            B2    H1            A1
H3                  C            B3    H2            A2    H1            D1
H4                  C            B4    H2            A3    H1            D2
}

   B1 =           1.100000000
   B2 =           1.086000000
   B3 =           1.086000000
   B4 =           1.086000000
   A1 =         109.4712206345
   A2 =         109.4712206345
   A3 =         109.4712206345
   D1 =        -120.00000000
   D2 =         120.00000060

basis=6-31G*

hf
--------------------输入文件结束----------------------


报错信息为:
-------------------------------------------------
ZSYMEL=Z

SETTING B1             =         1.10000000
SETTING B2             =         1.08600000
SETTING B3             =         1.08600000
SETTING B4             =         1.08600000
SETTING A1             =       109.47122063
SETTING A2             =       109.47122063
SETTING A3             =       109.47122063
SETTING D1             =      -120.00000000
SETTING D2             =       120.00000060
SETTING BASIS          =    6-31G*


Recomputing integrals since basis changed


Using spherical harmonics

The request for symmetry elements Z, cannot be honoured

Prototype coordinates
                   1             2             3             4             5
         1     0.0000000    -0.0000005     1.3406801     0.5378542    -1.8785338
         2     0.0000000     0.0000000    -1.3951023     1.8586140    -0.4635117
         3    -0.0016622     2.0770365    -0.6857427    -0.6857429    -0.6857436
? Error
? Symmetry problem
? The problem occurs in zmatrix.f:zmat_orient
--------------------报错信息结束----------------------

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发表于 Post on 2022-6-7 00:14:20 | 只看该作者 Only view this author
***,CH4

noorient
symmetry,x
geometry={
angstrom
C
H1                  C            B1
H2                  C            B2    H1            A1
H3                  C            B3    H2            A2    H1            D1
H4                  C            B4    H2            A3    H1            D2
}

    B1 =           1.100000000
    B2 =           1.086000000
    B3 =           1.086000000
    B4 =           1.086000000
    A1 =         109.4712206345
    A2 =         109.4712206345
    A3 =         109.4712206345
    D1 =        -120.00000000
    D2 =         120.00000060

basis=6-31G*

hf
Commands  initialized (763), CPU time= 0.01 sec, 617 directives.
Default parameters read. Elapsed time= 0.06 sec

Checking input...
Passed
1



Variable memory set to    8000000 words,  buffer space

ZSYMEL=X  

SETTING B1             =         1.10000000                                 
SETTING B2             =         1.08600000                                 
SETTING B3             =         1.08600000                                 
SETTING B4             =         1.08600000                                 
SETTING A1             =       109.47122063                                 
SETTING A2             =       109.47122063                                 
SETTING A3             =       109.47122063                                 
SETTING D1             =      -120.00000000                                 
SETTING D2             =       120.00000060                                 
SETTING BASIS          =    6-31G*


Recomputing integrals since basis changed


Using spherical harmonics

Library entry C      S 6-31G                selected for orbital group  1
Library entry C      P 6-31G                selected for orbital group  1
Library entry C      D 6-31G*               selected for orbital group  1
Library entry H      S 6-31G                selected for orbital group  2


PROGRAM * SEWARD (Integral evaluation for generally contracted gaussian basis sets)     Author: Roland Lindh, 1990

Geometry written to block  1 of record 700


Point group  Cs  



ATOMIC COORDINATES

NR  ATOM    CHARGE       X              Y              Z

   1  C       6.00    0.000000000    0.000000000    0.000000000
   2  H1      1.00    0.000000000    0.000000000    2.078698737
   3  H2      1.00    0.000000000    1.934872852   -0.684080857
   4  H3      1.00    1.675649038   -0.967436429   -0.684080865
   5  H4      1.00   -1.675649038   -0.967436429   -0.684080865

Bond lengths in Bohr (Angstrom)

1-2  2.078698737  1-3  2.052242571  1-4  2.052242571  1-5  2.052242571
     ( 1.100000000)     ( 1.086000000)     ( 1.086000000)     ( 1.086000000)

Bond angles

  2-1-3  109.47122063   2-1-4  109.47122088   2-1-5  109.47122088   3-1-4  109.47122063

  3-1-5  109.47122063   4-1-5  109.47122014

NUCLEAR CHARGE:                   10
NUMBER OF PRIMITIVE AOS:          44
NUMBER OF SYMMETRY AOS:           43
NUMBER OF CONTRACTIONS:           22   (   16A'  +    6A"  )
NUMBER OF CORE ORBITALS:           1   (    1A'  +    0A"  )
NUMBER OF VALENCE ORBITALS:        8   (    6A'  +    2A"  )


NUCLEAR REPULSION ENERGY   13.44192301


Eigenvalues of metric

         1 0.205E-01 0.730E-01 0.749E-01 0.294E+00 0.299E+00 0.387E+00 0.478E+00 0.578E+00
         2 0.730E-01 0.294E+00 0.578E+00 0.100E+01 0.112E+01 0.251E+01


Contracted 2-electron integrals neglected if value below      1.0D-11
AO integral compression algorithm  1   Integral accuracy      1.0D-11

     0.262 MB (compressed) written to integral file (100.0%)


NUMBER OF SORTED TWO-ELECTRON INTEGRALS:      18115.     BUFFER LENGTH:  32768
NUMBER OF SEGMENTS:   1  SEGMENT LENGTH:      18115      RECORD LENGTH: 524288

Memory used in sort:       0.58 MW

SORT1 READ       23390. AND WROTE       14627. INTEGRALS IN      1 RECORDS. CPU TIME:     0.00 SEC, REAL TIME:     0.00 SEC
SORT2 READ       14627. AND WROTE       18115. INTEGRALS IN      1 RECORDS. CPU TIME:     0.00 SEC, REAL TIME:     0.01 SEC

FILE SIZES:   FILE 1:    30.3 MBYTE,  FILE 4:     4.2 MBYTE,   TOTAL:     34.5 MBYTE

OPERATOR DM      FOR CENTER  0  COORDINATES:    0.000000    0.000000    0.000000


**********************************************************************************************************************************
DATASETS  * FILE   NREC   LENGTH (MB)   RECORD NAMES
              1      19       30.10       500      610      700      900      950      970     1000      129      960     1100   
                                          VAR    BASINP    GEOM    SYMINP    ZMAT    AOBASIS   BASIS     P2S    ABASIS      S
                                         1400     1410     1200     1210     1080     1600     1650     1300     1700   
                                           T        V       H0       H01     AOSYM     SMH    MOLCAS    ERIS     OPER   

PROGRAMS   *        TOTAL       INT
CPU TIMES  *         0.28      0.19
REAL TIME  *         0.33 SEC
DISK USED  *        34.81 MB
**********************************************************************************************************************************


PROGRAM * RHF-SCF (CLOSED SHELL)       Authors: W. Meyer, H.-J. Werner


NUMBER OF ELECTRONS:       5+    5-
CONVERGENCE THRESHOLDS:    1.00E-05 (Density)    1.00E-07 (Energy)
MAX. NUMBER OF ITERATIONS:       60
INTERPOLATION TYPE:            DIIS
INTERPOLATION STEPS:              2 (START)      1 (STEP)
LEVEL SHIFTS:                  0.00 (CLOSED)  0.00 (OPEN)



Orbital guess generated from atomic densities. Full valence occupancy:    7   2

Molecular orbital dump at record        2100.2

Initial occupancy:   4   1

ITERATION    DDIFF          GRAD             ENERGY        2-EL.EN.            DIPOLE MOMENTS         DIIS   ORB.
    1      0.000D+00      0.000D+00       -40.17387671     53.192586    0.00000   -0.00000    0.00714    0    start
    2      0.000D+00      0.166D-01       -40.19205261     51.736457    0.00000   -0.00000   -0.00316    1    diag
    3      0.171D-01      0.650D-02       -40.19441263     52.208203    0.00000   -0.00000   -0.00328    2    diag
    4      0.498D-02      0.141D-02       -40.19465227     52.151155    0.00000   -0.00000   -0.00460    3    diag
    5      0.278D-02      0.144D-03       -40.19465440     52.152650    0.00000   -0.00000   -0.00478    4    diag
    6      0.443D-03      0.427D-05       -40.19465440     52.152744    0.00000   -0.00000   -0.00479    5    diag
    7      0.118D-04      0.362D-06       -40.19465440     52.152738    0.00000   -0.00000   -0.00479    6    diag
    8      0.560D-06      0.617D-07       -40.19465440     52.152738    0.00000   -0.00000   -0.00479    0    orth

Final occupancy:   4   1

!RHF STATE  1.1 Energy               -40.194654400713
Nuclear energy                        13.44192301
One-electron energy                  -79.71294617
Two-electron energy                   26.07636876
Virial quotient                       -0.99928741
!RHF STATE  1.1 Dipole moment          0.00000000    -0.00000000    -0.00479491
Dipole moment /Debye                   0.00000000    -0.00000000    -0.01218665

Orbital energies:

         1.1          2.1          3.1          4.1          5.1          6.1
    -11.203613    -0.942283    -0.545919    -0.542371     0.256021     0.324306

         1.2          2.2          3.2
     -0.545919     0.327106     0.728723


HOMO      4.1    -0.542371 =     -14.7587eV
LUMO      5.1     0.256021 =       6.9667eV
LUMO-HOMO         0.798392 =      21.7254eV


**********************************************************************************************************************************
DATASETS  * FILE   NREC   LENGTH (MB)   RECORD NAMES
              1      19       30.10       500      610      700      900      950      970     1000      129      960     1100   
                                          VAR    BASINP    GEOM    SYMINP    ZMAT    AOBASIS   BASIS     P2S    ABASIS      S
                                         1400     1410     1200     1210     1080     1600     1650     1300     1700   
                                           T        V       H0       H01     AOSYM     SMH    MOLCAS    ERIS     OPER   

              2       4        2.80       700     1000      520     2100   
                                         GEOM     BASIS   MCVARS     RHF  

PROGRAMS   *        TOTAL    HF-SCF       INT
CPU TIMES  *         0.40      0.12      0.19
REAL TIME  *         0.46 SEC
DISK USED  *        34.81 MB
**********************************************************************************************************************************
Molecular orbitals read from record     2100.2  Type=RHF/CANONICAL (state 1.1)
Occupation numbers read from record     2100.2  Type=RHF/RHF (state 1.1)
Orbital energies read from record       2100.2  Type=RHF/CANONICAL (state 1.1)
Redundancy group numbers read from rec  2100.2  Type=RHF/RHF (state 1.1)

HF/6-31G* energy=    -40.194654400713

          HF-SCF
    -40.19465440
**********************************************************************************************************************************
Molpro calculation terminated

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发表于 Post on 2022-6-7 10:09:09 | 只看该作者 Only view this author
我不懂Molpro,但是甲烷只固定一个键长的话对称性是C3v不是Cs啊

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现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2022-6-28 18:52:57 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-6-7 10:09
我不懂Molpro,但是甲烷只固定一个键长的话对称性是C3v不是Cs啊

Molpro可以用低对称性的阿贝尔子群计算高对称性的分子,比如C2v算C∞v,D∞v,最后再把A1A2B1B2通过一些规则组合成Sigma+那些

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