求助：蛋白质与小分子之间结合伴随的熵损失相关问题

sun877469558

请教各位老师，在一篇文章里看到这样一句话，在设计蛋白质与小分子的相互作用时，应尽可能使配体结合到蛋白结合位点的过程中伴随的熵损失最小化
请问这是为何？能不能概述一下，小分子结合到口袋过程中为什么熵会损失，为什么熵损失越小越好？

sobereva

进入蛋白口袋后小分子运动的自由程度会被极大地束缚，导致熵减小。结合能力最关键看结合自由能，小分子进去后熵减小，会对结合自由能产生正贡献，不利于结合。
但结合自由能很大一部分也来自于结合焓，和小分子与蛋白质之间的弱相互作用直接关联。焓变和熵变都要考虑，而不能仅仅把熵损失最小化作为设计原则。

sun877469558

sobereva 发表于 2022-6-23 18:57
进入蛋白口袋后小分子运动的自由程度会被极大地束缚，导致熵减小。结合能力最关键看结合自由能，小分子进去 ...

醍醐灌顶的答案，感谢老师回复。

作者并没有把减小熵损失作为设计蛋白的唯一标准，如您所述，焓变也要考虑，另外我把原文粘贴出来并简单翻译一下
设计原则：
(1)与小分子有利的氢键和范德华作用;
(2)与小分子整体形状互补度高;
(3)未结合蛋白状态下的结构预组织，使小分子结合时的熵损失最小化

原文链接：（https://www.nature.com/articles/nature12443）ps：有兴趣的朋友可以查看