求助，用gromacs做钙离子溶剂分子之间的氢键分析

小柏桐

我的体系有硫酸根团簇，还有水分子 ，我想做钙离子周围溶剂分子之间的氢键数目分析，如何输命令啊？下边是我看手册输的，提示没有截断值，怎样加截断值呢？

牧生

你要钙离子附近水分子之间形成的氢键，还是钙离子本身与水形成的氢键。
但我能告诉你，钙离子本身不能与水形成氢键。你可以选取钙离子附近的几个水分子，做一下IGMH进行验证。http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html

小柏桐

牧生 发表于 2022-6-25 16:35
你要钙离子附近水分子之间形成的氢键，还是钙离子本身与水形成的氢键。
但我能告诉你，钙离子本身不能与水 ...

钙壳层附近的水分子之间形成的氢键

牧生

小柏桐 发表于 2022-6-25 16:42
钙壳层附近的水分子之间形成的氢键

我猜你想做的是以钙离子为中心，选择钙离子周围一定距离范围内的水分子，然后分析这些水分子之间的氢键数量？

如果是这样的话，你应该把这一部分从vmd里面挖出来，然后都选择水分子进行分析。
如果距离范围比较短，分子总数量只有几个或几十个，也可以用IGMH直观的从图形分析。

小柏桐

牧生 发表于 2022-6-25 16:46
我猜你想做的是以钙离子为中心，选择钙离子周围一定距离范围内的水分子，然后分析这些水分子之间的氢键数 ...

谢谢大佬，我这个体系是十个硫酸钙形成的几个小团簇，好像不太好挖啊

Frozen-Penguin

小柏桐 发表于 2022-6-25 16:48
谢谢大佬，我这个体系是十个硫酸钙形成的几个小团簇，好像不太好挖啊

应该不会很麻烦，在vmd里面把representation的selection设置成(within 20 of name Ca+) and resname SOL，就可以选中所有名字为Ca+的原子附近20埃范围内残基名为SOL的原子，gromacs里面也有类似的方法，把需要分析的原子提取出来。

小柏桐

Frozen-Penguin 发表于 2022-6-25 17:02
应该不会很麻烦，在vmd里面把representation的selection设置成(within 20 of name Ca+) and resname SOL ...

好的，谢谢