Gromacs GPU加速版是默认GPU加速的吗？租服务器的话，是不是更看重GPU性能。

free3hao

各位大佬，我在http://sobereva.com/458上下载了2020.6 CUDA GPU加速版，然后用Gromacs跑混合脂双分子层的分子模拟，20ns的模拟竟然跑了快四天，可能是计算机配置不行吧，并且log文件（附件添加）里也只有粒子-粒子相互作用（PP），没有涉及到粒子网络埃瓦尔德（PME），这样做合理吗？据说脂双分子层的平衡需要50-100ns，用现有的计算机要跑一个月，所以准备租学校超算中心的服务器，但是服务器又分CPU和GPU的，是不是选择更多核数的GPU更好呢？
Computing:          Num   Num      Call    Wall time         Giga-Cycles
                     Ranks Threads  Count      (s)         total sum    %
-----------------------------------------------------------------------------
Neighbor search        1    8     250001    7989.246     256168.881   2.7
Launch GPU ops.        1    8   10000001    3051.015      97828.411   1.0
Force                  1    8   10000001   39768.218    1275136.620  13.5
Wait GPU NB local      1    8   10000001  169186.861    5424843.616  57.3
NB X/F buffer ops.     1    8   19750001   11333.200     363390.159   3.8
Write traj.            1    8       4325      91.689       2939.945   0.0
Update                 1    8   10000001   10311.993     330645.947   3.5
Constraints            1    8   10000001   22079.303     707955.478   7.5
Rest                                       31553.475    1011737.359  10.7
-----------------------------------------------------------------------------
Total                                     295365.000    9470646.416 100.0
-----------------------------------------------------------------------------

               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:  2362920.000   295365.000      800.0
                         3d10h02:45
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:        5.850        4.102
Finished mdrun on rank 0 Thu Jul 21 13:39:42 2022

CruiseBend

你可以看参考论坛一个哥们的benchmark，一般10w个原子的lipid bilayer，我用20核+2张2080ti可以跑到88ns一天

EdwardLimit

你查下log文件，里面GPU support那一栏会告诉你有没有用到GPU，看你这速度，大概率是没有。

含光君

看log文件貌似是用自己电脑跑的模拟吧，当前这个配置跑这么大体系确实跑不快。
要是租超算建议看看这个帖子，里面讲得很详细。
http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html