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[新手求助] 求助大体系计算吉布斯自由能的程序推荐

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楼主
请教老师和同学们,我现在要计算一个大约接近900个原子的金属团簇,就是金属外包裹一圈配体,类似于MOF那种结构,如下图,然后要计算吉布斯自由能,然后我看了下社长的教材是做几何优化然后振动分析就可得到。但现在的问题是我的体系太大了,量化程序感觉算不动,想恳请大家指点应该用什么软件速度比较快能尽快得到结果

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发表于 Post on 2022-4-26 17:24:06 | 只看该作者 Only view this author
用ORCA做ONIOM计算,金属以及和金属配位的原子用DFT,外面的取代基用xTB
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-4-26 22:18:34 | 只看该作者 Only view this author
Try first using XTB for an opt then try with ORCA

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发表于 Post on 2022-4-27 03:23:10 | 只看该作者 Only view this author
这么大 还是分子动力学吧 其他理论可行 但是实际操作起来特费劲 而且很容易报错

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发表于 Post on 2022-4-27 05:55:57 | 只看该作者 Only view this author
应当明确计算吉布斯自由能的目的是什么,很可能有明显更好的办法比起暴力算当前体系的自由能更能达到你的实际目的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-27 14:29:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 不是兔纸不是猫 于 2022-4-27 15:07 编辑
sobereva 发表于 2022-4-27 05:55
应当明确计算吉布斯自由能的目的是什么,很可能有明显更好的办法比起暴力算当前体系的自由能更能达到你的实 ...

社长,合作者是想看反应方向和难易程度,然后他看的文献中的就是算如下图,我把文献也附在下边了,感谢社长
Molecular “surgery” on a 23-gold-atom nanoparticlehttps://www.science.org/doi/full/10.1126/sciadv.1603193
社长我图片和附件传不上来,只好附链接了,里边的Fig5是合作者想要的,谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-27 14:32:28 | 只看该作者 Only view this author
我过一会再上传看看,传不上来

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发表于 Post on 2022-4-28 05:13:19 | 只看该作者 Only view this author
不是兔纸不是猫 发表于 2022-4-27 14:32
我过一会再上传看看,传不上来

仔细看置顶的新社员必读贴了解上传图片的方式和要求
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-4-28 05:14:36 | 只看该作者 Only view this author
不是兔纸不是猫 发表于 2022-4-27 14:29
社长,合作者是想看反应方向和难易程度,然后他看的文献中的就是算如下图,我把文献也附在下边了,感谢社 ...

考虑对结构简化
诸如没多大用处的基团直接砍掉,稍微有点保留价值的考虑用较小的基组,等等。别愣算
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发表于 Post on 2022-7-18 08:55:16 | 只看该作者 Only view this author
好奇楼主里提到的社长的教材是什么?

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发表于 Post on 2022-7-26 06:41:27 | 只看该作者 Only view this author
Will111 发表于 2022-7-18 08:55
好奇楼主里提到的社长的教材是什么?

科音的量化培训班的讲义
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