求助vasp计算的时候怎样设置让过程不在终端输出

Jalyn

请问可不可不把vasp计算时候的一些输出在终端上的东西放在一个文件里   后台运行的那种  要不然vasp一开始计算  就没法做别的事情了

含光君

装队列系统写提交脚本交任务，以openPBS为例，qsub提交脚本就好咯
脚本内容参考：

#!/bin/sh
#ulimit -s unlimited
#PBS -l nodes=1:ppn=56
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 56 vasp_std > run.log

或者在命令前加 nohup，提交命令变成
nohup mpirun -np 56 vasp_std &
也可以不输出过程信息

876449830

nohup vasp.sh &

vasp.sh:
#!/bin/bash

mpirun -np 48 vasp_std > run.log

Jalyn

含光君 发表于 2022-7-25 16:31
装队列系统写提交脚本交任务，以openPBS为例，qsub提交脚本就好咯
脚本内容参考：

能解释一下脚本里写的这些写东西的意思吗   

Jalyn

Jalyn 发表于 2022-7-25 17:37
能解释一下脚本里写的这些写东西的意思吗

可以解释下不 ？ 不太明白

含光君

Jalyn 发表于 2022-7-25 17:38
可以解释下不 ？ 不太明白

可以参考一下这贴子5#
http://bbs.keinsci.com/thread-7044-1-1.html

Jalyn

含光君 发表于 2022-7-25 18:59
可以参考一下这贴子5#
http://bbs.keinsci.com/thread-7044-1-1.html

[xufeng2@swarm02 co2c]$ nohup vasp.sh &
[3] 3265683
[2]   Exit 139                mpirun -np 56 vasp
这种结果是什么情况呢

watfros

Jalyn 发表于 2022-7-26 15:17
[xufeng2@swarm02 co2c]$ nohup vasp.sh &
[3] 3265683
[2]   Exit 139                mpirun -np 56  ...

这个错误得具体看一下错误信息，你可以发一下

Jalyn

watfros 发表于 2022-7-26 15:30
这个错误得具体看一下错误信息，你可以发一下

就是这样的我输入提交命令之后就出来这个回车之后 自己出现了/project/xufeng2/software/vasp/compilers_and_libraries_2020.0.139/linux/mpi/intel64/bin/mpirun: line 103: 3248563 Segmentation fault      (c

初夏浅草

原理差不多，但是不同的系统略有不一样吧。如果用PBS、Slurm等任务调度系统，就可以设置直接后台运行。如果你直接在本机上运行的话，就像楼上说的，命令后面加上&符号，就可以在后台运行，加上”> run.log“可以输出日志文件

Jalyn

初夏浅草 发表于 2022-7-26 16:09
原理差不多，但是不同的系统略有不一样吧。如果用PBS、Slurm等任务调度系统，就可以设置直接后台运行。如果 ...

那Slurm任务调度系统   怎么在后台设置呢

Jalyn

我还尝试了这种的脚本 如图第二张所示 用sbatch job 倒是可以提交计算   但是用squeue查看任务进度  发现运行时间一直不变这是为甚麽呢如第一张图所示

初夏浅草

Jalyn 发表于 2022-7-26 16:12
那Slurm任务调度系统   怎么在后台设置呢

这是自己的集群？

Jalyn

初夏浅草 发表于 2022-7-26 16:38
这是自己的集群？

学校的集群

初夏浅草

Jalyn 发表于 2022-7-26 16:54
学校的集群

如果是学校的集群（集群用的slurm系统），建议你问一下管理员提交任务，感觉你这个不太对。而且你之前说运行的时候一直是运行过程界面，怀疑你是不是没有提交，而是直接在节点上运行的