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[综合交流] 看了Sob老师写的MD平衡判定一文后对H2在MOF孔里的模拟产生的疑惑

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有点小迷糊

各位社友大家好,我用CP2K跑了一个AIMD任务,NVE系综,温度设定为298.15K,在MOF的盒子里放了15个氢气分子,想看一下它们在MOF孔里的的扩散率以及运动轨迹,MOF做了超胞处理后是1288个原子,步长设置为1fs,总时间10ps,其实我不太确定自己体系的总时间设置为多少合适,所以就去看了Sob老师写的如何判断MD是否平衡一文http://sobereva.com/627,看完后依然感觉困惑,因为觉得我的体系不属于任何一个例子。大概跑了700多步的时候,我把ener文件提取出来用ORIGIN画了个图,发现貌似也有稳定的趋势,不知道对于我这样的体系应该以什么作为判定平衡的依据呢?

f2b86577fc9a212c177e1e1c305bb4c.png (27.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

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发表于 Post on 2022-4-29 23:42:20 | 只看该作者 Only view this author
1. 你这种体系很容易到达温度和势能的平衡,但是要研究扩散行为得跑更久,30~40ps,看轨迹具体判断吧
2. 你的MOF扩胞原子数太多了,白白浪费算力,况且你只放了十几个H2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-30 14:52:00 | 只看该作者 Only view this author
丁越 发表于 2022-4-29 23:42
1. 你这种体系很容易到达温度和势能的平衡,但是要研究扩散行为得跑更久,30~40ps,看轨迹具体判断吧
2.  ...

好的,非常感谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-27 15:51:36 | 只看该作者 Only view this author
丁越 发表于 2022-4-29 23:42
1. 你这种体系很容易到达温度和势能的平衡,但是要研究扩散行为得跑更久,30~40ps,看轨迹具体判断吧
2.  ...

您好,想请教一下您这里的所说的根据轨迹来判断具体是指什么呢?
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发表于 Post on 2022-6-19 20:10:56 | 只看该作者 Only view this author
请问H2、CO2这些分子的全原子力场文件都是怎么得到的啊,用LigParGen老是报错,一直生成不了。

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发表于 Post on 2022-6-20 00:17:58 | 只看该作者 Only view this author
gromacser 发表于 2022-6-19 20:10
请问H2、CO2这些分子的全原子力场文件都是怎么得到的啊,用LigParGen老是报错,一直生成不了。

楼主用的AIMD,不需要用力场。CO2的力场可以搜索框里面搜索,sob老师之前分享过

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发表于 Post on 2022-6-20 12:02:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gromacser 于 2022-6-20 12:03 编辑
adong 发表于 2022-6-20 00:17
楼主用的AIMD,不需要用力场。CO2的力场可以搜索框里面搜索,sob老师之前分享过

也不行E:\OneDrive\桌面\1655697387138.jpg

1655697387138.jpg (87.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

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发表于 Post on 2022-7-4 03:30:26 | 只看该作者 Only view this author
小congcong 发表于 2022-5-27 15:51
您好,想请教一下您这里的所说的根据轨迹来判断具体是指什么呢?

参考
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-7-4 03:31:20 | 只看该作者 Only view this author
gromacser 发表于 2022-6-19 20:10
请问H2、CO2这些分子的全原子力场文件都是怎么得到的啊,用LigParGen老是报错,一直生成不了。

H2、CO2这些重要的极小的分子都有专门适合的力场,诸如TraPPE,不要试图用《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》(http://sobereva.com/266)里介绍的sobtop、ligpargen、ATB之类的通用产生拓扑文件的程序搞,否则就算产生出来,也会被内行审稿人批评,因为明明有更好的专一性的力场可用。
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发表于 Post on 2022-8-7 16:38:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-4 03:31
H2、CO2这些重要的极小的分子都有专门适合的力场,诸如TraPPE,不要试图用《几种生成有机分子GROMACS拓扑 ...

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2022-8-7 16:39:18 | 只看该作者 Only view this author
adong 发表于 2022-6-20 00:17
楼主用的AIMD,不需要用力场。CO2的力场可以搜索框里面搜索,sob老师之前分享过

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