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[新手求助] 怎么计算分子间氢键键能?

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请问老师,分子间氢键键能应该怎么算呢?一个分子含33个原子,另一个是甲醇。请问有合适的计算方法么?

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发表于 Post on 2020-1-9 13:00:25 | 只看该作者 Only view this author
用Multiwfn做AIM分析,根据对应氢键的BCP的密度进行氢键键能估计,仔细看
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html)。

如果两个分子间的相互作用几乎只有一条氢键,以常规方式算分子间相互作用能亦可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-9 13:05:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-9 13:00
用Multiwfn做AIM分析,根据对应氢键的BCP的密度进行氢键键能估计,仔细看
透彻认识氢键本质、简单可靠地估 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-1-25 00:17:32 | 只看该作者 Only view this author
我觉得,应该是成健前后体系焓的变化吧
计算前后两个两个构型的热力学量,然后对比下

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发表于 Post on 2020-1-25 01:55:04 | 只看该作者 Only view this author
Machaophy 发表于 2020-1-25 00:17
我觉得,应该是成健前后体系焓的变化吧
计算前后两个两个构型的热力学量,然后对比下

纯理论方式研究氢键键能不需要考虑热力学量,也不需要优化结构
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-8-10 11:34:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-9 13:00
用Multiwfn做AIM分析,根据对应氢键的BCP的密度进行氢键键能估计,仔细看
透彻认识氢键本质、简单可靠地估 ...

老师您好,JCC(2019)那篇文章里对42种氢键二聚体的前提描述是“分子量足够小的单体”。提主提到的含有33个原子的分子是否还能用电子密度ρ来计算氢键键能E。我优化出的四乙基醋酸铵、甲醇、甲乙酮应该算“大分子”,那这样的话四乙基醋酸铵和甲醇或者甲乙酮之间的氢键键能能通过电子密度计算么。

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发表于 Post on 2022-8-11 06:46:05 | 只看该作者 Only view this author
东木 发表于 2022-8-10 11:34
老师您好,JCC(2019)那篇文章里对42种氢键二聚体的前提描述是“分子量足够小的单体”。提主提到的含有3 ...

没有“分子量足够小的单体”这种前提条件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-8-11 10:57:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-11 06:46
没有“分子量足够小的单体”这种前提条件

好的老师,谢谢老师的回复。

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