氨基酸肽链建模

wenhuidou · 发表于 Post on 2016-3-20 21:34:43

麻烦问一下用VMD建一条十几个氨基酸的肽链可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-20 22:11:50

VMD一般不用来做这个事情，除非你有很好用的插件能用
肽链构建工具很多，比如ProBuilder就不错http://nova.colombo58.unimi.it/probuilder.htm

ruanyang · 发表于 Post on 2016-3-21 08:05:57

或则使用Avogadro中的build/Insert/Peptide

wenhuidou · 发表于 Post on 2016-3-22 09:59:02

再请教一下这样建的模型其二级结构如何构建！

greatzdk · 发表于 Post on 2016-3-22 10:19:11

wenhuidou 发表于 2016-3-22 09:59
再请教一下这样建的模型其二级结构如何构建！

这个应该和你的研究方向相关，通常来讲，十几个氨基酸的肽链应该没有十分固定的二级结构。
具体怎么操作，你就调节phi和psi就好了。当然你也可以弄成某种二级结构。

wenhuidou · 发表于 Post on 2016-3-22 10:24:23

谢谢您！

astrozheng · 发表于 Post on 2016-4-4 22:42:03

可以有很多软件建模。
我知道的比如Pymol就简单易用。
如果为了获得特定的二级结构，可以在建模后，给不同的原子间加上一些NMR constraints（以Gromacs软件为例，可以在立场中直接加constraint）跑一小段MD simulation。最后的结构应该能够符合需求。

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2016-4-25 13:00:42

FragBuilder
PeptideBuilder
CycloPs

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[NAMD] 氨基酸肽链建模