计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2199|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 计算二聚体结构相互作用能时是否考虑D3矫正?

[复制链接 Copy URL]

85

帖子

0

威望

1550

eV
积分
1635

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师好,我使用QM/MM方法模拟了固相中分子的磷光性质,将中心分子设为QM区域作优化,环境分子设为MM区域。并参考使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算的帖子(http://sobereva.com/526),将中心分子和周围分子当成二聚体,分析了二聚体之间的相互作用能。现在审稿人问选择二聚体的结构是否已经通过QM/MM方法优化,并且计算相应的相互作用能时是否考虑了D3矫正。关于审稿人的意见,想请问各位老师,是否需要在一开始就将不同的二聚体用QM的方法优化?以及二聚体间相互作用时怎么考虑D3矫正?

1560

帖子

0

威望

4995

eV
积分
6555

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-8-15 09:21:07 | 只看该作者 Only view this author
又菜又爱玩

203

帖子

0

威望

3454

eV
积分
3657

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2022-8-15 09:45:01 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-8-15 09:21
看最后一段的红字
http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

他这个是做SAPT能量分解计算,应该不用再额外考虑DFT-D3色散校正了吧。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-8-15 19:58:20 | 只看该作者 Only view this author
SAPT方式算弱相互作用能不需要D3校正(虽然也有刻意用类似D3校正的方式代替直接计算的色散作用来节约SAPT时间的方法,但非主流)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

85

帖子

0

威望

1550

eV
积分
1635

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-16 08:36:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-15 19:58
SAPT方式算弱相互作用能不需要D3校正(虽然也有刻意用类似D3校正的方式代替直接计算的色散作用来节约SAPT时 ...

游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0

85

帖子

0

威望

1550

eV
积分
1635

Level 5 (御坂)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-16 10:35:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 phosphorescence 于 2022-8-16 10:36 编辑
sobereva 发表于 2022-8-15 19:58
SAPT方式算弱相互作用能不需要D3校正(虽然也有刻意用类似D3校正的方式代替直接计算的色散作用来节约SAPT时 ...

游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2022-8-17 17:47:08 | 只看该作者 Only view this author
phosphorescence 发表于 2022-8-16 10:35
**** 本内容被作者隐藏 ****

不能把其它分子当背景电荷,否则优化时根本没法描述QM原子和背景电荷描述的原子间的范德华作用对结构的影响。Gaussian里必须用ONIOM(QM:MM)优化,下文说了
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html

SAPT是那样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

85

帖子

0

威望

1550

eV
积分
1635

Level 5 (御坂)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-17 21:24:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-17 17:47
不能把其它分子当背景电荷,否则优化时根本没法描述QM原子和背景电荷描述的原子间的范德华作用对结构的影 ...

游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2022-8-18 06:52:07 | 只看该作者 Only view this author
phosphorescence 发表于 2022-8-17 21:24
**** 本内容被作者隐藏 ****

如果之前的结构不是理想的,诸如不是高解析度的晶体结构里抠出来的(而且氢原子位置已经合理),就优化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 14:49 , Processed in 0.190966 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list