求教：gromacs模拟蛋白-血红素-配体

SJHuang · 发表于 Post on 2024-10-8 11:24:04

一开始我想用CHARMM-GUI准备体系，发现上面不能选择血红素与CYS有连接的，只能选择与HIS连接。后续又将heme-cys当作一个非标准残基，使用amber14sb力场来进行模拟因此来向各位老师求教！
我主要是想请教：
1. 各位老师都用什么力场来模拟蛋白-血红素体系呢？
2. 我将heme-cys当作一个非标准残基，跑MD时发现heme很容易跑散（使用的amber14sb力场）

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-10-8 13:57:33

1 我用的也是amber14sb
2 跑散是什么意思, 是血红素的环打开了,还是和CYS断开了?

Q:
你的非标准残基力场是怎么构建的,构建完成之后是否单独对heme-cys这个结构进行了MD模拟,这一过程是否有问题?

SJHuang · 发表于 Post on 2024-10-8 14:03:04

Loading0760 发表于 2024-10-8 13:57
1 我用的也是amber14sb
2 跑散是什么意思, 是血红素的环打开了,还是和CYS断开了?

感谢回答！
非标准残基力场是怎么构建我是跟着这条帖子学习的http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html
看来是我构建的有问题，一开始我本想用sobtop产生rtp文件，但发现并不能识别到Fe原子。想再问问有没有什么更加方便的方式吗？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-10-9 10:25:42

SJHuang 发表于 2024-10-8 14:03
感谢回答！
非标准残基力场是怎么构建我是跟着这条帖子学习的http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1. ...

对Fe元素用UFF力场参数
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex4

AxiEJohn · 发表于 Post on 2025-3-15 10:29:51

Loading0760 发表于 2024-10-8 13:57
1 我用的也是amber14sb
2 跑散是什么意思, 是血红素的环打开了,还是和CYS断开了?

请问老师们对HEME-CYS体系量化计算时选择的电荷和自旋多重度是多少？本人化学功底不强，上网查发现脱氧血红素有-3价态和自旋多重度是5的情况，同时我想FE都与CYS的S共价连接了，有没有氧气他们都应该是0电荷吧？自旋多重度我则找到一篇文献说脱氧的HEME是5，请问计算时到底该输入什么呢

我爱记歌词 · 发表于 Post on 2025-5-19 19:49:31

您好；请问您的问题解决了吗

我爱记歌词 · 发表于 Post on 2025-5-19 19:49:58

AxiEJohn 发表于 2025-3-15 10:29
请问老师们对HEME-CYS体系量化计算时选择的电荷和自旋多重度是多少？本人化学功底不强，上网查发现脱氧血 ...

您好；请问您的问题最终是如何解决的呢？

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