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[Sobtop] 求助:用Sobtop产生有机分子拓扑文件无法打开的问题

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楼主
我首先在Chemdraw上画了平面结构(如图一),然后复制到Chem3D中,用MMFF94力场优化结构(力场各个选项均默认,直接Run的),并Save as成gjf格式文件。然后用GaussView打开并保存成mol2格式文件,通过http://sobereva.com/soft/Sobtop中例2的方法产生拓扑文件,然后打开时发生错误(如图二),请求大家及@sobereva 老师帮我看看怎么回事呀

2.png (21.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

图一

图一

1.png (19.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

图二

图二

WW-S-SN38.gjf

5.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

Chem3D导出的

WW-S-SN38.mol2

7.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

GaussView导出的

WW-S-SN38.gro

6.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

Sobtop产生的

WW-S-SN38.itp

115.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

Sobtop产生的

WW-S-SN38.top

351 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

Sobtop产生的

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发表于 Post on 2022-9-26 22:03:31 | 只看该作者 Only view this author
这边下载的文件都能打开,出现上述问题的原因,会不会是本身的记事本问题,有可能缺少组件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-26 23:08:13 | 只看该作者 Only view this author
Yan_njit 发表于 2022-9-26 22:03
这边下载的文件都能打开,出现上述问题的原因,会不会是本身的记事本问题,有可能缺少组件

啊 还能有这种问题啊 那推荐下载个什么软件打开这些类型的文件呢

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发表于 Post on 2022-9-27 02:07:51 | 只看该作者 Only view this author
换别的机子,或者用其它文本编辑器,诸如写字板、Ultraedit再试。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 09:09:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-27 02:07
换别的机子,或者用其它文本编辑器,诸如写字板、Ultraedit再试。

嗯嗯 好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-2 23:22:54 | 只看该作者 Only view this author
可以用Notepad++试试看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-4 10:24:49 | 只看该作者 Only view this author
mahoushoujo 发表于 2022-10-2 23:22
可以用Notepad++试试看

嗯嗯 谢谢 我用了Notepad 2 就好啦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-4 10:25:14 | 只看该作者 Only view this author
mahoushoujo 发表于 2022-10-2 23:22
可以用Notepad++试试看

嗯嗯 谢谢 我用了Notepad 2 就好啦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-4 10:26:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 深爱小李 于 2022-10-4 10:28 编辑
mahoushoujo 发表于 2022-10-2 23:22
可以用Notepad++试试看

嗯嗯 谢谢 我用了Notepad 2 就好啦

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