求助——课题组购机——主要用于GROMACS

Joceeen

课题组之前租用超算机时进行GROMACS的分子动力学模拟，看了sob社长文章后决定自购服务器计算。
预算在5w以下，主要用于GROMACS，后面可能会用到gussian来量化计算。
在sob推荐下，参考“GPU加速做分子动力学的推荐配置”中“预算较多”的情况，初拟了一份配置清单如下：

GPU：2*影驰RTX3080Ti                                                                                  2*8000
CPU：2* XEON Platinum 8124M正式版（18核，3.0G）                                      2*1800
散热器：2* 金钱豹LGA3647 散热器                                                                  2*210
主板：永擎EP2C621D12 WS（C621芯片组，集显）                                            3800
机械硬盘：希捷 企业级 银河Exos 4TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST4000NM000A)   1070
内存：12* 三星DDR4-2666 ECC REG 8GB                                                          12*200
电源：海韵旗舰金PRIME GX1300 1300W                                                           1900
机箱：追风者614PC                                                                                         570
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装                                                                    80
显示器：优派                                                                                                  700
总价：                                                                                                           约30500


想咨询一下社友们，1. 该配置用于蛋白分子的水溶液体系（包含水、离子、蛋白，共约100000个原子），是否合理？2. 如果以后想用其他软件做量化计算，该配置升级是否有较大的局限性？

刘恪立

这个配置内存需要升级，内存可以上16G内存或者32G内存，GROMACS计算的话是否支持GPU加速看模块，直接上3090显卡更合适，性价比更高~

Joceeen

刘恪立 发表于 2022-9-20 16:11
这个配置内存需要升级，内存可以上16G内存或者32G内存，GROMACS计算的话是否支持GPU加速看模块，直接上3090 ...

嗯嗯，谢谢你的建议！

alonewolfyang

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:16
嗯嗯，谢谢你的建议！

这是我前段时间弄得

Entropy.S.I

刘恪立 发表于 2022-9-20 16:11
这个配置内存需要升级，内存可以上16G内存或者32G内存，GROMACS计算的话是否支持GPU加速看模块，直接上3090 ...

别瞎扯误导人。

Entropy.S.I

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:16
嗯嗯，谢谢你的建议！

别听他瞎扯，内存不需要动。

GMX跑模拟的部分都支持GPU加速。

建议等RTX4090，今晚11点就发布了，下个月开售，性能是RTX3090的2倍以上。现在市面上很难找到真·全新的3080Ti和3090，只有3090Ti靠谱（最近3090Ti也开始断货了，之前七彩虹水神价格9999元）。即使你现在买2块3090Ti加NVLink，整体性价比很可能还不如一块4090。如果买2块3080Ti，你就告别“双卡单任务”了。

强烈建议把跑MD模拟的机器和跑量化/第一性原理的机器分开，便于调度。GPU加速GMX，用单路工作站配1块GPU就行；如果用双路工作站配2块GPU，实际使用非常麻烦。

Joceeen

alonewolfyang 发表于 2022-9-20 16:32
这是我前段时间弄得

谢谢！

Joceeen

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 16:45
别听他瞎扯，内存不需要动。

GMX跑模拟的部分都支持GPU加速。

哦哦，谢谢提醒！

Joceeen

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 16:45
别听他瞎扯，内存不需要动。

GMX跑模拟的部分都支持GPU加速。

如果以后想进行量化计算，内存略小会有影响吗？

alonewolfyang

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:47
谢谢！

我这显卡是低了，因为机器不是专门用来跑GMX之类的，还要量化第一性计算

alonewolfyang

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:51
如果以后想进行量化计算，内存略小会有影响吗？

改成我那16G*16根内存一般问题基本能计算

Joceeen

alonewolfyang 发表于 2022-9-20 16:51
我这显卡是低了，因为机器不是专门用来跑GMX之类的，还要量化第一性计算

我是在想3060Ti会不会有影响。。谢谢你给的参考

Entropy.S.I

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:51
如果以后想进行量化计算，内存略小会有影响吗？

“强烈建议把跑MD模拟的机器和跑量化/第一性原理的机器分开，便于调度。GPU加速GMX，用单路工作站配1块GPU就行；如果用双路工作站配2块GPU，实际使用非常麻烦。”

具体做法：装一台双路工作站用于量化/第一性原理计算，参考http://sobereva.com/444的“4 较好双路服务器”。再装一台MSDT平台的机器用于MD模拟，建议等新平台，R9 7950X + RTX4090的组合，预估整机3万以内可解决。

Entropy.S.I

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:55
我是在想3060Ti会不会有影响。。谢谢你给的参考

你有5万元预算，如果用3060Ti，完全是把钱花在刀把上

Joceeen

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 17:04
你有5万元预算，如果用3060Ti，完全是把钱花在刀把上

嗯嗯，谢谢你的建议。因为我们这边主要还是MD，一台机器满足MD的基本要求就行，量化方向还没开辟出来。那如果不考虑量化/第一性原理计算，采用“4 较好双路服务器”+1块RTX4090这样的组合，请问会不会“实际使用非常麻烦”？感谢不吝赐教。